«وحدت وجود» بعنوان اساس و بنیان عرفان نظری، در طول تاریخ تفکر اسلامی همواره محل بحثهای فراوانی میان اندیشمندان بوده است. ملااسماعیل خواجویی، از متفکران و متکلمان عصر صفویه و دوران بعد از ملاصدراست که به نقادی این نظریه پرداخته و آن را از جهات گوناگون بچالش کشیده است. خواجویی براساس تباین وجودی واجب الوجود با موجودات ممکن، وجود مطلق نبودن واجب الوجود، اقامه نشدن استدلال عقلانی در اثبات وحدت وجود و نارسایی استدلالهای برخی از عارفان و متصوفان در اثبات وحدت وجود، این نظریه را نامقبول و نادرست میداند. اما در پژوهش حاضر بیان شده که انتقادات خواجویی ناشی از مغالطه و خلط میان معانی مختلف اصطلاحات علوم فلسفه و کلام با عرفان نظری است؛ هر چند که در برخی موارد مانند اقامه نشدن استدلال عقلانی از سوی عارفان در اثبات وحدت وجود — انتقاد او صحیح بنظر میرسد.