روش های کاربردی علم اقتصاد تحت تأثیر روش بنیادین آن شکل می گیرد. مبادی معرفت شناختی به عنوان جزئی از روش بنیادین، در روش کاربردی این علم تأثیر دارد. علم اقتصاد متعارف در حال حاضر از روش فرضیه ای قیاسی به عنوان روش اصلی خود استفاده می کند و دیگر روش ها به عنوان مکمل این روش به کار می رود. فرضیه ها نیز به شکل عمده از میراث نظری علم اقتصاد به دست می آید و یافته های رشته های دیگر و مشاهدات تجربی به عنوان نقش ترمیمی برای اصلاح نظریات اصلی به کار می رود. بررسی انتقادی روش های مذکور بر اساس مبانی معرفت شناختی گویای این است که روش اصل موضوعی دارای آسیب استفاده از مقدمات غیریقینی در علم اقتصاد است. روش فرضیه ای قیاسی در مقدمات استدلال از مقدمات احتمالی استفاده می کند و در صورت، منحصر به رفع تالی به وسیله آزمون تجربی است. روش استقرایی نیازمند توجه به محدودیت های تعمیم است و روش های تفسیری تنها بر اساس مبانی و محدودیت هایشان قابل استفاده است. روش انتقادی نیز دارای آسیب اتکا به عقل عرفی است؛ در مقابل، حکمای اسلامی برای رفع این آسیب ها، از مقدمات یقینی نیز بهره می برند و از رفع تالی و وضع مقدم در روش قیاس استثنایی استفاده می کنند. روش استقرایی در این نگاه می تواند دارای سه شکل (تام، ناقص و دارای نتایج عملی) در علم اقتصاد اسلامی باشد و خروج از آن، سبب اشکال روش شناسی می گردد. روش تفسیری تنها در موضوعات تفسیرمحور مانند کنش اقتصادی انسان و شناخت موانع سیاستی به کار می آید و روش انتقادی بر اساس عقل متافیزیکی و قدسی می تواند نقش قابل توجهی در بعد تجویزی و سیاستی علم اقتصاد اسلامی داشته باشد.