بنیادگرایی اسلامی به عنوان یک جریان تندرو مدعی بازگشت به اسلام راستین و عدم سازش با دنیای مدرن، در صحنه داخلی کشورها و هم چنین در روابط بین الملل به عنوان یک تهدید و رقیب جدی در جوامع کنونی تبدیل شده است. یکی از این مناطق دارای جریان های مذهبی فعال، منطقه آسیای مرکزی با مرکزیت جمهوری ازبکستان است. بی شک در تقویت این جریان های اسلامی، گروه های اسلامی سایر کشورها، و جریان تندرو طالبان و همین طور شرایط داخلی حاکم بر جامعه نقش فعالی داشته است. سوال اصلی پژوهش این است که مهم ترین عامل کلیدی در به چالش کشاندن حاکمیت سیاسی کشورهای آسیای مرکزی (به ویژه ازبکستان) چیست؟ فرضیه اصلی آن است که بنیادگرایی اسلامی به عنوان مهم ترین رقیب و تهدید جدی علیه حاکمیت و امنیت این کشورها (به ویژه ازبکستان) است. در این پژوهش از روش توصیفی –تحلیلی با بهره گیری از منابع کتابخانه ای، اسنادی و اینترنتی استفاده شده است. حاصل این پژوهش، تبیین و نشان دادن حضور و نقش بنیادگرایی اسلامی در ازبکستان به عنوان یک واقعیت جدی در ایجاد چالش در مسائل امنیتی – سیاسی این کشور است.