شیوع بیماری های واگیردار، از مشکلات اساسی ممالیک بحری و برجی بود. این بیماری ها بر وضع اجتماعی و اقتصادی مصر در دوره ممالیک تأثیرات مخربی داشت. ممالیک بحری و برجی در برخورد با بیماری های همه گیر، عملکرد ویژه ای داشتند. بحری ها در مقایسه با برجی ها عمل گراتر بودند و به ساخت بیمارستان، رسیدگی به حال بیماران و پزشکان اقدام کردند؛ اما ممالیک برجی بیماری های همه گیر را با نگاه دینی تفسیر می کردند و مبارزه با فساد و سختگیری بر اقلیت های دینی را، راهکار مقابله با این بیماری ها می دانستند. این مقاله با شیوه توصیفی- تحلیلی، به دنبال پاسخ به این پرسش است که علل بروز بیماری های همه گیر در عصر ممالیک چه بود و هر کدام از دولت های ممالیک بحری و برجی با این بیماری ها به چه صورتی مواجهه کرده اند؟ یافته های این تحقیق نشان می دهد که شرایط مناسب اقتصادی و سیاسی ممالیک بحری و عملکرد موفق آنان موجب مهار بیماری وکاهش اثرات مخرّب بیماری های همه گیر شد اما وضع نامطلوب سیاسی و اقتصادی ممالیک برجی و اقدامات نامناسب در مواجهه با بیماری های همه گیر، باعث تضعیف بیش از پیش حکومت ممالیک برجی شده بود.