مسئله بقای نفس پس از مفارقت از بدن، یکی از چالش برانگیزترین مسائل فلسفی است. این مسئله، هم از سوی حکمایی که نفس را قدیم و مجرد میدانند و هم از سوی حکمایی که به حدوث روحانی نفس معتقد هستند، مورد بحث واقع شده و استدلالهای گوناگون در اینباره اقامه شده است. خواجه طوسی که به سنت حکمت مشاء تعلق دارد، این پرسش را مطرح کرده است که چرا بعقیده حکما، بدن و استعداد بدنی در ابتدای حدوث نفس لازم و ضروری است اما در مرحله بقا و مفارقت شرط نیست؟ او پاسخ این پرسش را در رساله یی که درباره بقای نفس نوشته، بررسی کرده است و در عین حال آن را از حکیم معاصر خویش، شمس الدین خسروشاهی نیز پرسیده ولی پاسخی دریافت نکرده است. همین پرسش را ملامظفر حسین کاشانی، حکیم معاصر ملاصدرا از او پرسیده است زیرا بنظر میرسد که ظاهراً مسئله بقای نفس با نظریه حدوث جسمانی ملاصدرا قابل جمع نیست. صدرالمتألهین پرسش خواجه و ملامظفر را هم بر اساس مبنای قوم و هم اصول فلسفه خویش پاسخ داده و از مسئله بقای نفس پس از مفارقت بدن دفاع کرده است.
