اصطلاح «تشکیک» نخستین بار در مباحث منطقی رایج شد و بدنبال آن در فلسفه نیز کسانی همچون ابن سینا و سهرودی به استفاده و بحث از آن مبادرت کردند. از مجموع آثار ابن سینا برمی آید که وی فقط در محدوده تشکیک عامی گام برداشته است. سهروردی نیز که زمینه تشکیک خاصی را در اندیشه ملاصدرا فراهم ساخت، بدلیل اعتباری دانستن وجود، به تشکیک در ذات و ماهیت روی آورد؛ نظریه یی که مورد پذیرش ملاصدرا و حکمای مشایی واقع نشد. اگر اصالت، وحدت و تشکیک وجود سه پایه اصلی حکمت متعالیه باشد، تشکیک خاصی و خاص الخاصی، تکمیل کننده آن و اوج حکمت متعالیه صدرایی خواهد بود. ملاصدرا ابتدا تشکیک خاصی را در ردّ تشکیک عامی و نظریه تباین وجودات مطرح ساخت و آنگاه به تفسیر نوینی از آن در قیاس با تشکیک خاصی اشراقی همت گماشت. وی ضمن عبور از این نوع تشکیک و با الهام از اندیشه عرفانی و آیات وحیانی، به تشکیک خاص الخاصی نائل آمد تا بتواند با تمسک به آن، کثرت موجودات را توجیه نماید و تفسیر جدیدی از توحید ارائه دهد که همسو با توحید عرفانی باشد.