ملاصدرا درباره برخی از مباحث فلسفی در آثار مختلف خویش نظریات متفاوتی بیان کرده است که در یک نظام فلسفی واحد قابل جمع با یکدیگر نیستند. در این مقاله با طرح اینگونه مباحث، علت متفاوت بودن نظریات ملاصدرا در موارد ذیل بررسی خواهد شد: موضوع حرکت جوهری؛ حرکت توسطیّه؛ عامل ایجاد زمان؛ ماهیت علم؛ علم الهی به جزئیات؛ فاعلیت الهی؛ رابطه علت و معلول؛ ملاک نیازمندی ممکن به واجب؛ معانی ماهیت؛ نحوه اتصاف ماهیت به وجود؛ وحدت وجود؛ تجرد و حدوث نفس. با بررسی این موارد مشخص میشود که طرح نظریات مختلف در آثار ملاصدرا ناشی از یکی از عوامل زیر است: 1. تغییر دیدگاه ملاصدرا در طول زمان (وی نخست به اصالت ماهیت و سپس به اصالت وجود و تشکیک وجود قائل شده است و در نهایت به نظریه وحدت شخصی وجود دست یافته است)؛ 2. رعایت جنبه تعلیمی در بیان مطالب؛ 3. طرح نظریات بر اساس مبانی مختلف (مبنای قوم، مبنای وحدت تشکیکی وجود و مبنای وحدت شخصی وجود)؛ 4. تلاش برای نگارش یک دوره مدون از مباحث فلسفی.
