هدف کلی مطالعه حاضر تبیین الگوی فرهنگ سازمانی مؤثر بر سیستم کنترل های داخلی سازمان های غیرانتفاعی بخش عمومی ایران و درواقع احصاء مؤلفه ها و اجزاء اصلی مؤثر بر آن و همچنین توسعه چارچوب نظری فرهنگ سازمانی و نقش آن بر کنترل های داخلی در این قبیل سازمانهاست. باتوجه به عدم کارکرد قطعی نظریات خارجی مطرح شده در ادبیات موضوع، در مورد سازمان های داخلی و لزوم توجه به ابعاد و ماهیت بومی مساله در داخل کشور، در این راستا سعی گردید تا با استفاده از استراتژی کیفی پژوهش و با بکارگیری روش نظریه سازی داده بنیاد، با استفاده از نمونه ای از متخصصان دیوان محاسبات کشور، دانشگاهیان و مسئولان سازمان های غیرانتفاعی کشوری به احصای شرایط علّی، عوامل بسترساز، بازدارنده، راهکارها و پیامدهای پیاده سازی کنترل داخلی مطلوب در سازمان های غیرانتفاعی کشور پرداخته شود. در این پژوهش به منظور کد گذاری و تجزیه و تحلیل داده ها از نرم افزار ATLAS.ti استفاده گردیده است. نتایج حاصل از پژوهش نشان داد که فرهنگ در سه سطح مدیران (شامل سبک، دیدگاه، انگیزش و التزام عملی مدیران به قوانین)، کارکنان (شامل ویژگی های رفتاری، انگیزش و دیدگاه کارکنان) و سازمان (شامل فرهنگ ملموس سازمان، فرهنگ کاری سازمان، ساختار سلسله مراتبی سازمان، فرهنگ نهادی سازمان و جایگاه منافع فردی و جمعی در سازمان) ، با در نظر گرفتن عوامل بازدارنده و بسترساز آن، می تواند جزء عوامل علّی اثرگذار بر کیفیت کنترل داخلی در سازمان های غیرانتفاعی کشور باشد. در نهایت با توجه به الگوی بومی ارائه شده در مطالعه، راهکارهای افزایش اثربخشی کنترلهای داخلی در دو سطح راهکارهای سیاست گذاری کلان و راهکارهای عملیاتی در سازمان ارائه گردید.