در مکتب نائینی در صدور فعل اختیاری از مفهومی به نام طلب و سلطنت نام برده اند و به زعم خود خواسته اند که نقاط ضعف تحلیل های فلاسفه را جبران کنند. در باب منشأ اراده نیر میان فلاسفه و مکتب نائینی برخی اختلاف نظرها وجود دارد. در تعریف و تحلیل مفهوم اختیار نیز مکتب نائینی به نقد فلاسفه پرداخته و اختیار را ناشی از سلطنت نفس به شمار آورده اند. در این میان علامه جعفری آراء خاصی دارد که در بعضی موارد هم با دیدگاه فلاسفه و هم مکتب نائینی تفاوت دارد. وی با توجه به مبانی انسان شناسی خود بحث جبر و اختیار را از حب ذات انسان آغاز کرده و اراده را فعل نفس و معلول آن به شمار می آورد که شخصیت و انگیزه های مختلف انسان ها موجب اختلاف اراده های انسان ها می شود. وی با تعریف خاص خود از اختیار، که آن را نظارت من بر دو جهت مثبت و منفی کار می داند، از نقش من در صدور اراده و تحقق فعل اختیاری بحث می کند.