تلاش فلسفی ملاصدرا انطباق حکمت متعالیه با حاق دین است با این حال به شدت از نظر میرزا مهدی اصفهانی و شاگردانش مورد نقد قرار گرفته است. میرزا مهدی و شاگردانش معقتدند ملاصدرا در حکمت متعالیه در جمع میان برهان، عرفان و قرآن به بیراهه رفته است, چراکه به هیچ روی این سه نه به لحاظ روش و نه به لحاظ غایت و کارکرد سرانجام واحدی ندارند. این در حالی است که به نظر می رسد هم در ارزیابی مدعیات حکمت متعالیه و هم دیدگاه جریان مخالف او می توان تأملاتی را روا دانست، یعنی هم تبیین گزاره های دینی با تکیه بر حکمت مشاء و اشراق ناتمام است و هم قطع پیوند میان تاملات عقل فطری و عقل قائم به نفس. در پایان روشی از آیات و روایات اتخاذ می گردد که تعقل حنیف فطری دین داران را به تعقل الهی می رساند و این دو را در مسیر تکامل روح الهی انسان به هم پیوند می زند تا راه میانه ای بین روش ملاصدرا و میرزا مهدی اصفهانی باشد.