علامه محمدحسین طباطبایی از فیلسوفان الهی است که از سویی به ماوراء طبیعت باور دارد و از سوی دیگر قائل به رابطه علی بین ماوراء طبیعت و طبیعت است. او در دوره جدید زندگی می کند که علم تجربی حرمت فراوان دارد. یکی از مبانی علم جدید، طبق تلقی کواین، فیزیکالیسم (خودبسنده بودن طبیعت) است. بین این دو تلقی در نگاه ابتدایی تعارض وجود دارد. طباطبایی مستقیماً به بررسی این موضوع نپرداخته است که آیا فیزیکالیسم با اصول فلسفی رایج در فلسفه اسلامی هماهنگ است یا خیر. اما در نوشته های فلسفی ایشان، در باب نحوه ارتباط طبیعت و ماوراء طبیعت دو نظر دیده می شود که از آنها می توان برای حل این مسئله مدد گرفت. اول آن که بر اساس عوالم متعدد و رابطه علی بین این عوالم، تغییرات عالم طبیعت معلول عوالم بالاتر است، اما علت قریب افعال طبیعی به صور نوعیه برمی گردد. این راه حل راه را برای امکان همنشینی علم جدید و فلسفه اسلامی هموار می کند، اما مشکلاتی دارد. نگاه دیگر ایشان آن است که نه تک تک وقایع طبیعت بلکه کلیت عالم طبیعت به جعل بسیط معلول ماوراء طبیعت است. این نگاه دوم زمینه هماهنگی مبنای فیزیکالیستی علم جدید و اصل ارتباط طبیعت و ماوراء طبیعت را بیشتر فراهم می کند، اما هنوز نیاز به ترمیم دارد تا با مدعیات دیگر فلسفی هماهنگ شود.