قاضی عبدالجبار معتزلی و قاضی ابوبکر باقلانی ضمن آن که در امکان و ضرورت معرفت خدای سبحان و وجوب تفکر و ضرورت استدلال در شناخت خدا هم رأی هستند، اما در پاره ای از مبانی معرفت شناختی و روش شناختی اختلاف نظر دارند. مهم ترین اختلاف نظر این دو در زمینه معرفت شناسی متمرکز بر پاسخ به این سؤالات است: «آیا وجوب معرفت الله را عقل به ما می گوید یا شرع؟»، «آیا رابطه تفکر و معرفت تولیدی است یا استلزامی؟». در پاسخ به این سؤالات قاضی عبدالجبار رأی به «وجوب عقلی» معرفت الله می دهد، رابطه تفکر و معرفت را نیز «تولیدی» می داند و تولید علم را بر تفکر، که فعل اختیاری انسان است، مستقر می کند. اما قاضی ابوبکر باقلانی بر «وجوب شرعی» معرفت الله تأکید می کند و رابطه تفکر و معرفت را نیز «استلزامی» می داند، تولید علم را نیز بر قدرت محدثه، که به نظریه کسب اشعری برمی گردد، متکی می کند. در روش شناسی نیز اگرچه دو متکلم در اعتبار روش های حسی، عقلی و نقلی در کلام اشتراک دارند، در میزان اعتبار و تقدم هر یک از این روش ها بین آن دو اختلاف نظر است.
