از حکیم رفیعی قزوینی آثار اندکی باقی مانده است، اما همین اندک مشتمل بر نوآوریهایی است. در این مقاله به پنج نوآوری از این فیلسوف و عارف الهی پرداخته شده است، راجع به این مباحث:
1. در باره معنای کمال الهی در جنب جمال و جلال الهی، که وی برخلاف مشهور آن را نه مجموع جمال و جلال بلکه امری ورای آن دو گرفته و عبارت دانسته است از تمامیت ذات الهی به عینیت ذات و صفات و عینیت خود صفات با هم.
در ذیل همین بحث، حکیم رفیعی تعریفی از جمال و جلال ارائه می دهد که جامع تعریف فیلسوف و عارف است و خود این تعریف نیز خالی از ابتکار نیست.
2. در شرح عبارت «اللهم انی اسئلک بما تجیبنی به حین اسئلک»، که او علاوه بر معنایی که در مرحله اول به ذهن می آید، معنایی ذکر می کند که حکایت از ذهن جوال و نوجوی او دارد.
3. در خصوص نفی ترکیب از ذات الهی و بیان اینکه ترکیب به هر نحوی که باشد، مستلزم امکان است، که او در این مسئله برهانی اقامه می کند و در انتها می گوید که آنچه گفتیم در هیچ کتابی مکتوب نیست.
4. در توضیح این سخن حکما که تأثیر جسمی در جسمی دیگر نیازمند وضع و محاذات است، مراد از وضع و محاذات را نوعی اتحاد و اتصال می داند.
5. در نقد این سخن مشهور که اراده غیر از شهوت است و از همین رو، انسان گاهی چیزی را اراده می کند که متعلق شهوت او نیست و گاهی چیزی را مورد شهوت قرار می دهد که اراده اش بدان تعلق نگرفته است.