منظور از چالشهای نظری، نظریه های موافق و مخالف با مذاکره و برقراری روابط میان دو کشور ایران و ایالات متحده آمریکاست. بر این اساس، موضوع از دو زاویه مورد بحث و بررسی قرار گرفته است: یکی ریشه های تقابل و دیگری زمینه های تعامل میان دو کشور. در بخش اول ضمن مقایسه مبانی و اصول سیاست در ایران و آمریکا و نیز با اشاره به ریشه های فکری، ایدئولوژیک، تاریخی و سیاسی چالش میان دو کشور، به این نتیجه می رسیم که چالشهای میان دو کشور عمیق تر از آن است که به سادگی بتوان از مذاکره و رابطه عمیق و دوستانه میان دو کشور صحبت کرد. در عین حال، این بحث به معنی غیر ممکن یا محال بودن مذاکره هم نیست؛ زیرا حداقل در بعد نظری زمینه هایی وجود دارد که تعامل میان دو کشور را تحت شرایط خاصی ممکن می داند. بنابراین در بخش دوم، موضوع بحث از سه دیدگاه قابل توجه است: اول از دیدگاه موافقان و مخالفان مذاکره در ایران؛ دوم از زاویه دید مخالفان و موافقان رابطه در آمریکا و سوم از دیدگاه گروهی که در هر دو کشور حالتی میانه دارند. در ایران، عده ای بر مذاکره و رابطه با آمریکا اصرار دارند؛ در حالی که عده ای دیگر به لحاظ شرایط سیاسی و اعتقادی، بر مذاکره نکردن با آمریکا تاکید می کنند و روابط ایران و آمریکا را به دلیل وجود تعارض در بنیان های فکری دو کشور، مغایر با راهبرد های کلان نظام می دانند. در ایالات متحده نیز عده ای معتقدند این کشور برای تامین منافع حیاتی باید روابط خود را با ایران بهینه کند؛ در صورتی که عده ای فکر می کنند باید ایران را محدود نمود. اما بر اساس دیدگاه سوم، شناخت ریشه های اصلی اختلافات ایران و آمریکا و تحلیل صحیح از رویکردهای فی مابین، شناخت دقیق واقعیت ها و پرهیز از هرگونه افراط و تفریط و دوباره کاری در سیاستگذاری ها و تصمیم گیری ها، شناخت راهکارها و خط مشی های استراتژیک اصولی و عملی دو کشور در برخورد با یکدیگر و ایجاد مصونیت در برابر پیامدهای نامطلوب این برخوردها نیز باید مورد توجه قرار گیرد.