صدرالمتالهین درباره مسائل جوهر و عرض همانند بسیاری از مسائل فلسفه اسلامی دارای نظرات خاصی است، اما در بسیاری از نوشته های خود بر اساس نظرات عام فلسفی بحث می کند و محقق را پیرامون نظر نهایی خود به اشتباه می افکند. این مقاله در صدد است تا بیان کند که در بحث اقسام جواهر نظر صدرا آن است که جوهر، جنس الاجناس نبوده، اقسام جوهر نیز هیچ کدام از قبیل ماهیات نیستند، بلکه اختلاف آنها به وجود و نحوه وجود آنها باز می گردد. ماهیات اموری هستند فارغ از آنکه جسم یا عقل یا برزخ میان آنها باشند.
نفس انسانی نیز به واسطه سعه وجودی خود می تواند از عالمی به عالم دیگر قدم گذارد و با حرکت جوهری و اشتداد مرتبه وجودی خود، با محسوس و متخیل و معقول متحد شود. بنابراین، نفس نیز از سنخ ماهیات نیست. صورت جوهری نیز که عین فعلیت و هویت اشیاء است، از سنخ وجود است. هیولا تنها جوهری است که به روشنی مشخص نیست که صدرالمتالهین آن را از سنخ ماهیات می داند یا خیر.
همچنین این مقاله به نظر ملاصدرا پیرامون تعریف جوهر و عرض، اقسام جوهر و میزان در تشخیص جوهر از عرض می پردازد.
بحث از تجرد نفس انسانی یکی از مهم ترین مباحث در انسان شناسی است. در این نوشتار، این مقوله از دیدگاه مؤسس حکمت متعالیه، صدرالمتالهین، و یکی از پیروان مکتب فلسفی او، امام خمینی، مورد بحث قرار گرفته است. نویسنده پس از ذکر مباحث مقدماتی، براهین تجرد نفس را در دو حوزه «براهین عقلی» (در هشت برهان) و «براهین نقلی» (در 5 برهان) مورد بحث قرار داده است.
امام خمینی در براهین عقلی بیشتر بر نظریات ملاصدرا تکیه می کند و تنها در بعضی موارد آرای شخصی خود را اظهار می دارد. برعکس، ایشان در براهین نقلی، رشته سخن را در دست گرفته و به شرح و تبیین این براهین می پردازد.
به طور کلی، این دو حکیم، تجرد عقلی نفس ناطقه را که به توسط مشائیون اثبات گردیده بود، مورد تایید قرار می دهند. ملاصدرا تجرد برزخی نفس ناطقه را به اثبات می رساند و امام خمینی، علاوه بر تبعیت از وی در این موضوع، در براهین نقلی، در مورد مقام فوق تجرد نفس ناطقه بحث می کند.