ارزیابی در کنترل های داخلی به ویژه در ساختارهایی با ماهیت عمومی، موضوعی بسیار مهم جهتِ جلوگیری از تقلب و تحریف در عملکردهای مالی محسوب می شود که می تواند به ایجادِ اثربخشی در نظارت ها بر تخصیص بودجه در جهتِ هزینه ها و درآمدهای اختصاصی منجر شود. دانشگاه علوم پزشکی به عنوان یکی از نهادهای بخش عمومی در کشور، از طریقِ ارزیابیِ کنترل داخلی ضمن تقویتِ نظارت ها بر عملکردهای مالی می تواند در تدوین سیاست ها و استراتژی های آتی برای تدوین بودجه نیز موثر باشد. هدف این پژوهش ارزیابیِ کیفیِ اثربخشیِ ساختارِ کنترلِ داخلیِ دانشگاه های علوم پزشکی بود. روش شناسی پژوهش توسعه ای و ترکیبی بود. زیرا اولاً چارچوبِ نظری منسجمی در خصوصِ ارزیابیِ کیفیِ اثربخشیِ ساختارِ کنترلِ داخلی وجود نداشت و این پژوهش به دنبال تعیینِ گزاره های آن بود، لذا از این منظر توسعه ای قلمداد می شود. ثانیاً از نظر نوع داده باتوجه به اینکه داده های پژوهش ابتدا از طریق تحلیل های بخش کیفی (فراترکیب و دلفی) جمع آوری می شود و سپس براساسِ پرسشنامه ماتریسی فازی، اقدام به تعیین تأثیرگذارترین گزاره های ارزیابیِ کیفی ساختارِ کنترلِ داخلی می شود، جزء پژوهش های ترکیبی محسوب می شود. جامعه آماری پژوهش متناسب با نوع جمع آوری داده ها در بخش کیفی، ۱۵ نفر از متخصصان حسابداری و مدیریت در سطح دانشگاهی بودند و در بخش کمی نیز ۲۵ نفر از مدیران، معاونین، سرحسابرسان و حسابرسان ارشد دانشگاه علوم پزشکی حضور داشتند. نتایج پژوهش در بخش کیفی براساس ۱۱ پژوهش شناسایی شده اولیه، از وجودِ ۸ گزاره اصلی حکایت دارد که طی دو مرحله تحلیل دلفی، یک گزاره حذف و مجموعاً ۷ گزاره وارد، فازِ تحلیل تفسیری ساختاری فازی شدند. در بخش کمی نیز نتایج نشان داد، مهمترین و تاثیرگذارترین گزاره ی ارزیابیِ کیفیِ اثربخشیِ ساختارِ کنترل داخلی در دانشگاه علوم پزشکی مربوط به گزاره ی افزایش ضمانت اجرایی در ارزیابی کنترل داخلی می باشد. همچنین مشخص شد، کم اثرترین مولفه های شناسایی شده دو گزاره ی مبنایِ نهادی در ارزیابی کنترل داخلی و مبنای راهبردی در ارزیابی کنترل داخلی در دانشگاه علوم پزشکی می باشد.