استاد موسویان عمر پژوهشی خود در عرصه اقتصاد اسلامی را که از حدود سال 1373 به صورت جدی آغاز شد، در موضوع ربا، بانکداری و بازارهای مالی اسلامی صرف کرد و در سایر موضوعات اقتصاد اسلامی کمتر پژوهش کرده و قلم زده است. روش علمی ایشان در پرداختن به مباحث بانکداری و مالی اسلامی از اولین کتاب ها و مقالاتی که در این زمینه نوشته تا آخرین آثاری که از ایشان به جا مانده است، دچار تحولاتی گشته است. در این مقاله به بررسی این تحولات به روش تحلیل متن درباره مقالات و کتاب های ایشان پرداخته می شود و با مروری بر آثار استاد موسویان نشان داده می شود که ایشان در روش مطالعاتی خود در عرصه بانکداری و بازارهای مالی از روش فقه محور به سمت روش اسلام محور حرکت کرده است. در روش فقه محور نیز دو مرحله روش فقهی سازی و روش تأسیس فقهی را پشت سر گذاشته و در روش اسلام محور نیز می توان دو مرحله اسلامی سازی و تأسیس بر اساس ثابتات اسلام را در آثار ایشان مشاهده کرد. در نهایت نیز به نقد و بررسی روش ایشان پرداخته شده است.