شرکت های دانش بنیان کسب و کارهای دانش محوری هستند ک با هدف تبدیل پایدار دانش به ثروت شکل گرفته و فعالیت های اقتصادی آنها مبتنی و همراه با فعالیت های تحقیق و توسعه در زمینه فناوری های نو و پیشرفته است و از این طریق منجر به توسعه اقتصاد دانش محور در کشور می شوند. شواهد متعدد حاکی از آن است که تعداد کثیری از تحقیقات توسعه فناوری در عمل با مشکل مواجه می شوند و این امر نشاندهنده پیچیدگی فرایند نوآوری و تجاری سازی است. بنابراین ضروری است تا ضمن شناسایی چالش های پیش روی این شرکت ها نسبت به ترسیم نقشه جامع و راهبردی جهت توسعه آن ها اقدام گردد. هدف این پژوهش تحلیل موانع نوآوری و تجاری سازی در شرکت های دانش بنیان است. پژوهش حاضر از نظر هدف کاربردی، از نظر ماهیت داده ها کیفی، و از نظر نحوه گردآوری داده ها توصیفی محسوب می شود. در این پژوهش مهمترین موانع با مرور ادبیات و تأیید خبرگان تعیین گردید، سپس با استفاده از روش مدل سازی ساختاری تفسیری (ISM)، سطح بندی و با استفاده از تحلیل MICMAC طبقه بندی شد. برای گردآوری داده ها از ابزار پرسشنامه ساختاریافته استفاده شد که پایایی آن با روش آلفای کرونباخ و روایی آن با نظر متخصصان تأیید گردید. جامعه آماری این تحقیق از مدیران صنعت دانش بنیان کشور تشکیل که از 15 نفر از مدیران به عنوان نمونه استفاده شد. بر اساس تجزیه و تحلیل یافته ها موانع نوآوری و تجاری سازی شامل عدم ایجاد ارزش در سطح 1، درک نکردن نیازهای بازار و مشتریان، و سلب انگیزه از فن آفرینان در سطح 2، فقدان دانش تجاری سازی در سطح 3، ناکارآمدی مدیریت پروژه، توانمندی های ناکافی نیروی انسانی، و ریسک اقتصادی در سطح 4، مشکلات مربوط به حقوق مالکیت، و فقدان زیرساخت مناسب در سطح 5، فقدان امکانات مالی، و کمبود ارتباط محکم دانشگاه و صنعت در سطح 6، چالش های محیط تجاری، عدم انعطاف بروکراتیک، و بی ثباتی های اقتصادی در سطح 7، قرار گرفتند. همچنین چالش های محیط تجاری، عدم انعطاف بروکراتیک، فقدان امکانات مالی، و بی ثباتی های اقتصادی در خوشه محرک قرار گرفتند یعنی متغیرهایی با کمترین قدرت وابستگی و بیشترین قدرت نفوذ و عدم ایجاد ارزش، درک نکردن نیازهای بازار و مشتریان، ریسک اقتصادی، سلب انگیزه از فن آفرینان، و فقدان دانش تجاری سازی در خوشه وابسته قرار گرفتند یعنی متغیرهایی با کمترین قدرت نفوذ و بیشترین قدرت وابستگی. در نهایت راهکارهایی برای رفع هر دسته از موانع پیشنهاد گردید.