توانایی یک سازمان در استقرار فرهنگ سازمانی مطلوب مزیت بزرگی است که می تواند در تسهیل رسیدن به اهداف سازمانی نقش بزرگی را ایفا کند. از سوی دیگر آسیب شناسی و پی بردن به چالش ها و موانع پیاده سازی فرهنگ سازمانی مطلوب نیز برای یک سازمان اهمیت بالایی دارد. در پژوهش حاضر باهدف مدل سازی چالش ها و موانع رفتاری کارکنان در استقرار فرهنگ سازمانی مطلوب با محوریت سازمان های دولتی با رویکردی آمیخته ابتدا منابع موجود و مصاحبه های انجام شده با 210 خبره در 15 سازمان دولتی(تولیدی-خدماتی-نظامی امنیتی) با روش تحلیل محتوای کیفی جهت دار کدگذاری و تحلیل شدند که در نهایت109 زیر مقوله ،26مقوله و 10تم احصا شدند برای روایی یافته ها در این مرحله از روش ارائه بازخورد به خبرگان برای روایی و روش پایای کوهن برای پایایی استفاده شد. در مرحله بعد به منظور مدل سازی چند سطحی تم ها و تعیین اثرگذاری و اثرپذیری آن ها با روش مدل سازی ساختاری تفسیری پرسشنامه های ساختاری تفسیری تکمیل شده توسط خبرگان جمع آوری و داده ها با استفاده از نرم افزار متلب تحلیل شدند. در نهایت تم های دین ابزاری، تصور عقل کلی، ضعف عقلانیت و اصالت سلسله مراتب به عنوان اثرگذارترین تم ها در سطح سوم و تم های ظاهرگرایی، بخشی نگری و فردگرایی معیوب در سطح دوم قرار گرفتند. تم های بی تفاوتی، فقر اعتماد و طلبکاری به عنوان اثرپذیرترین تم ها در سطح اول مدل قرار گرفتند. در قسمت پایانی پژوهش نیز پیشنهادهایی به منظور برطرف ساختن این موانع و چالش ها ارائه گردید.