در این تحقیق کارایی 9 پالایشگاه نفت کشور با استفاده از روش تحلیل پنجره ای پوششی داده طی دوره 91-1386 مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج کارایی نشان می دهد تنها پالایشگاه کرمانشاه در طول 4 پنجره، عملکرد کارایی داشته و بقیه پالایشگاه ها روند ناکارایی را به صورت پایدار طی کرده اند. ناکارایی شرکت های پالایش نفت بیشتر ناشی از ناکارایی مدیریت منابع بوده است. شرکت های ناکارا در حوزه کارایی مقیاس، دارای بازده نزولی نسبت به مقیاس بوده اند که با کوچک کردن اندازه شرکت می توانند به مقیاس بهینه دست یابند. بیشترین میزان اتلاف منابع در پالایشگاه ها، مربوط به میزان مصرف سوخت و خوراک پالایشگاه بوده است. پالایشگاه اصفهان بیشترین میزان اتلاف در ظرفیت، سوخت و خوراک مصرفی و پالایشگاه آبادان بیشترین میزان اتلاف در تعداد نیروی کار را به خود اختصاص داده است.
