از مهم ترین مباحث در حوزه قرآن پژوهی، روش شناسی تفسیر است. از عوامل نیل به این مهم، ارزیابی عملکرد مفسر برای شناخت ضابطه های وی در فرآیند تفسیر است. بدین منظور، شیوه قرآن به قرآن علامه طباطبایی در سوره حمد به عنوان مطالعه موردی بررسی می گردد. عملکرد ایشان در این سوره را می توان به شقوق مختلف تقسیم کرده و الگو های مختلفی از آن استخراج نمود. این الگوها دارای فراز و فرود و نیز همسانی ها و افت ناهمسانی ها راقاتی همراه با ضعف و قوت هایی هستند. برخی نواقص کمتری داشته به عنوان بهترین مدل مطرح می شوند، ولی برخی کمترین نمره را کسب می کنند. می توان با درنظر گرفتن همسانی ها، یک مدل تقریباً یکدستی ارائه داد. در مواردی به کارگیری آیات قرآن به اوج خود رسیده و در مواضعی کمترین استفاده را داشته است. در مواردی نیز به طور کل از این رویکرد فاصله گرفته است. از بررسی موارد تفسیر شده، ملاک انتخاب آیات برای تفسیر و میزان بهره گیری از آنها، نسبت مکانی آیات مورد استفاده در تفسیر و کمیت آیات مورد استفاده، نکات مهمی به دست می آید. به نظر می رسد اگرچه با این شیوه در تفسیر برخی آیات موفق بوده، اما در مواردی، چندان خود را نشان نمی دهد. عنایت به آیات دیگر در پرداخت به برخی مفردات، مسائل اعتقادی، ترجیح قرائتی بر قرائت دیگر و ...، از جمله نمودهای این تفسیر در سوره حمد است.