مقدمه: به منظور ارتقای کیفی انتشارات علمی دانشگاه های علوم پزشکی ایران، پژوهش حاضر کمیت و کیفیت تولیدات علمی این دانشگاه ها را به موازات هم در یک دوره ده ساله مورد بررسی قرار داد. برای این هدف، شاخص های کمی و کیفی علم سنجی به کار گرفته شد.روش بررسی: این پژوهش به روش پیمایشی انجام شد. جامعه مورد پژوهش را کل دانشگاه های علوم پزشکی ایران دارای تولید علمی در پایگاه ISI Web of Science در سال های 2006-1997 تشکیل می داد. نمونه گیری به روش غیراحتمالی انجام شد و 19 دانشگاه علوم پزشکی که حداقل 25 تولید علمی داشتند، از کل 42 دانشگاه علوم پزشکی ایران، به عنوان نمونه انتخاب گردید. منابع داده شامل پایگاه مذکور، ابزار گردآوری داده ها، سیستم جستجو و تحلیل استنادی پایگاه بود، ابزار تحلیل داده ها، نرم افزارآماری SPSS نسخه 13 و روش تحلیل داده ها، آمار توصیفی بود. داده های مورد نیاز در چهار بخش تولید، استناد، تاثیر استنادی و درصد مدارک استناد شده استخراج شد و مورد تجزیه و تحلیل قرارگرفت.یافته ها: رتبه بندی دانشگاه ها بر مبنای شاخص های کمی با رتبه بندی آن ها بر مبنای شاخص های کیفی نتایج متفاوتی در بر داشت. بین فهرست برترین دانشگاه ها بر مبنای چهار شاخص، میزان هم پوشانی 25 درصد بود و دانشگاه علوم پزشکی مشهد تنها دانشگاهی بود که بر مبنای هر چهار شاخص در فهرست دانشگاه های برتر حضور داشت.نتیجه گیری: تفاوت نتایج رتبه بندی دانشگاه ها بر مبنای شاخص های کمی و کیفی، بیانگر لزوم به کار گیری شاخص های کیفی در کنار شاخص های کمی جهت ارزیابی عملکرد علمی دانشگاه های مزبور است.
