در دوران خلیفه دوم، زیست فردی و اجتماعی و نظام سیاسی نوپای مسلمانان دچار تحول اساسی شد. در روزگار خلافت عثمان، دو رخداد منشأ تحولات مهمی شدند: یکی شورش علیه خلیفه و قتل او؛ و دیگر، تدوین جدید قرآن که به قرآن عثمانی شهرت یافت. تحقیق دربارة تاریخ قرآن در نیم قرن نخست اقدامی بس دشوار است؛ زیرا از یک سو هیچ نسخة استنادپذیری از قرآن زمان پیامبر و نیز قرآن های پس از آن و از جمله قرآن های ابوبکر و عثمان در اختیار نیست و، از سوی دیگر، راه روشن و استواری برای تحقیق و تفحص و انکشاف حقایق متقن وجود ندارد. امروزه، جز متن قرآن کنونی و نسخه هایی از قرآن های غالباً ناقص از قرون نخست و نیز انبوه روایات متنوع و غالباً متضاد، اسنادی برای تحقیق در قرآن های نیمه اول سده در دست نیست. از این جهت است که پیدایی دست نوشته های صنعا به ویژه برای تأیید وثاقت تاریخی قرآن اهمیت دوچندان می یابد. به ویژه که با مطالعات روی این نُسخ ثابت شد که این دست نوشته ها متعلق به میانه سده اول هجری اند و این امر خط بطلانی بر نظریه تثبیت نهایی متن قرآن در انتهای سده دوم یا اوایل سده سوم هجری است.
مصحف امام علی(ع) که نسخه دست نوشته آن حضرت از قرآن کریم به املاء پیامبر اکرم(ص) می باشد جزء میراث و منابع گران بهای علوم امامان شیعه است. وجود این مصحف بر طبق روایات هر دو مذهب شیعه و اهل سنت مورد تأیید قرار گرفته و غیرقابل انکار می باشد. دیدگاه مشهور عالمان شیعه این است که محتوای مصحف علی(ع) در ترتیب سوره ها و احتمالاً در تعداد اندکی از آیات و وجود تفسیر و تأویل آن ها با مصحف موجود تفاوت دارد. اما برخی از معاصران معتقدند که میان این مصحف با قرآن موجود در چینش آیات و سُوَر تفاوتی نیست بلکه صرفاً در مصحف علی(ع) تفسیر، تأویل و شأن نزول آیات ذکر شده است. در این نوشتار ضمن معرفی محتوای این مصحف، دیدگاه های مختلف شیعه و سنی مورد بررسی قرار گرفته و شبهات وهابیت در رد وجود مصحف پاسخ داده شده است. نیز به نقد و بررسی دیدگاه های متفاوت دانشمندان شیعه در نحوه چینش آیات و سُوَر مصحف امام(ع) پرداخته و ضمن نقد برخی از نظریات که تفاوت دو مصحف را فقط به چینش سوره ها فروکاهیده اند، دیدگاه معاصران مقبول تر ارزیابی گردیده است.
در سده دوم و سوم قمری از هشت کتاب و رساله با موضوع اختلاف مصاحف امصار (عراق و شام و حجاز) یاد شده است. گرچه این کتاب ها به دست ما نرسیده، مطالب آن ها در منابع بعدیِ علم رسم المصحف و قرائات بازتاب یافته است. اختلاف رسم الخط مصاحف امصار به دو دسته تقسیم پذیر است:
الف) تفاوت هایی که موجب اختلاف در قرائت نشده اند؛ مانند ثبت «ی» یا نبود آن در «ائتونی/ ائتون»؛ ب) اختلاف هایی که باعث تفاوت در قرائت اند؛ شامل حذف یا زیادت یک حرف یا تبدیل یک حرف به حرفی دیگر. مجموع اختلافات دسته دوم به 54 مورد می رسد. تا کنون درباره علت و زمان پیدایی و اثر آن در قرائات یا تأثیرپذیری آن از قرائات، دیدگاهی جامع بیان نشده است. اغلب علمای متقدم بر این باورند که عثمان خلیفه سوم (د 35 ق.) دستور ثبتِ آن ها را در مصاحف امام داده است ولی در روایات جمع قرآن در زمان عثمان چنین مطلبی وجود ندارد و از سویی، این کار با هدف او برای اتحاد امت اسلامی بر یک مصحف واحد در تضاد است.