بنا بر «طبیعت گرایی روش شناختی»، در علم صرفاً باید به عوامل طبیعی بسنده کرد. طبق این اصل روشی، معرفت معتبر از طبیعت تنها با روش طبیعت گرایانه به دست می آید و در این روش عوامل فراطبیعی در هیچ سطحی، حتی در مبانی و اصول موضوعه نباید حضور داشته باشند، با تحلیل بیانات علامه مصباح یزدی، می توان مخالفت جدی ایشان با طبیعت گرایی روش شناختی را استنباط کرد. محدودیت های روش تجربی، امکان تأثیر امور ماورایی در امور خارق العاده، ضرورت ارتباط علم و متافیزیک و دادوستد معرفت ها از مواردی در دیدگاه ایشان است که مانع پذیرش طبیعت گرایی روش شناختی می شود؛ اما ایشان راه شناخت امور عادی طبیعت را تجربه می دانند و نوعی خودبسندگی تبیینی برای طبیعت قائل هستند، چون می توان با تجربه روابط اعدادی میان امور مادی را شناخت و می توان تأثیرات امور ماورایی را از متن تبیین حذف نمود. البته تجربه هم نباید از قلمرو خود فراتر رود و در مورد امور ماورا ءالطبیعی و ارزش ها اظهارنظر نماید. معجزات نیز از پدیدهای طبیعی هستند که قابل تبیین صرفاً طبیعی نیستند.
