یکی از عناصر اصلی تمدن جدید غربی که عالم و آدم را فرا گرفته است، علم مدرن غربی است. علم مدرن که از جمله آن علوم انسانی است؛ دارای بنیان های معرفت شناختی، هستی شناختی، انسان شناختی و ارزش شناختی خاص به خود است و در آن ریشه دارد. لازمه پذیرش این علوم، تن دادن به این مبانی و پیش فرض هاست. این تحقیق با روش توصیفی-تحلیلی در صدد است در مرحله نخست به شناسایی این مبانی و در مرحله دوم بر اساس اندیشه های علامه مصباح یزدی به نقد و بررسی مبانی هستی شناختی علم مدرن بپردازد. نتایج حاصله حکایت از آن دارد که علم مدرن دارای مبانی هستی شناختی چون طبیعت گرایی، تسلط بر طبیعت، طبیعت منبع ابزار و وسایل، قدرت آفرینی طبیعت، تلقی مکانیکی از طبیعت، نفی حکمت و غایت از طبیعت است و تمامی این پیش فرض ها از دیدگاه علامه مصباح یزدی دچار اشکالات متعدد و درنتیجه ناپذیرفتنی است.