دوره تیموری در ایران به لحاظ پیشرفت در انواع هنرهای اسلامی به ویژه معماری و تزیینات وابسته به آن حائز اهمیت بسیار است. یکی از بناهای مهم در این دوره بنای امیر ملکشاه است که با وجود بهره مندی از ارزش های فراوان معماری چندان شناخته شده نیست. در این پژوهش سعی بر آن است که با کمک متون دست اول تاریخی، ویژگی های معماری و آرایه های تزئینی بنای امیر ملکشاه هویت و کاربری آن مطالعه شود. نتایج پژوهش نشان می دهد که با توجه به ویژگی های معماری از قبیل نقشه بنا، کتیبه نگاری و مضامین آن ها، تزئینات کاشیکاری، نقاشی، سرداب، فقدان محراب، وجود گلدسته و مناره کاربری دوگانه ی مسجد مقبره را برای آن می توان در نظر گرفت. از طرفی بنای امیر ملکشاه از نظر ویژگی های گفته شده و بخصوص از نظر کاربری با مساجد کبود تبریز و بسیاری از مساجد آناتولی به ویژه یشیل بورسه قابل مقایسه است و با توجه به نقشه و کتیبه های یافت شده در آنها، سازنده و طراح هر سه تبریزی و یکی بوده است.