تجارت درون صنعت افقی و عمودی مزیت های رقابتی و نسبی واقعی کشورها را با در نظر گرفتن شیوه و تکنولوژی تولید مشخص می سازد ایران نیز در مسیر پیشرفت و توسعه روابط تجاری خود، نیازمند الگوی مناسب برای شناسایی و تقویت مزیت های رقابتی و نسبی در بخش های کارآ است. یکی از این بخش ها، بخش صنعت است که توسعه و رشد آن نیازمند توسعه فن آوری است. توسعه فن آوری نیز به نوبه خود از سرمایه گذاری در تحقیق و توسعه داخلی و خرید فن آوری خارجی (کالاهای سرمایه ای و واسطه ای) متأثر می شود. بر این اساس در این پژوهش به بررسی اثرات سرریز تحقیق و توسعه بر تجارت درون صنعت افقی و عمودی در صنایع کارخانه ای پرداخته شده است. برای این منظور بر اساس آخرین اطلاعات در دسترس داده های تجارت خارجی و ویژگی های خاص صنایع برای کارگاه صنعتی بالای 10 نفر کشور طی دوره زمانی 1383-1395 در سطح تجمیع 4 رقم طبقه بندی ISIC با استفاده از روش داده های ترکیبی پالایش و پردازش شده است. نتایج برآورد به روش اثرات ثابت نشان می دهد که انباشت تحقیق و توسعه داخلی وخارجی اثر مثبت و معناداری بر تجارت درون صنعت افقی و عمودی نداشته است. همچنین نتایج حاکی از آن است که هر چند سرریز تحقیق و توسعه خارجی از طریق واردات تأثیر منفی و معنادار داشته، اما سرریز انباشت تحقیق و توسعه خارجی از طریق سرمایه انسانی اثر مثبت و معناداری بر تجارت درون صنعت افقی و عمودی دارد. بنابراین، پیشنهاد می گردد، سرمایه گذاری در سرمایه انسانی و فعالیت های تحقیق و توسعه به منظور تسهیل در جذب و انتشار فن آوری وارداتی نهفته در کالاهای واسطه ای و سرمایه ای شرکای تجاری افزایش یابد تا زمینه افزایش تولید و تنوع و بهبود کیفیت کالاها را فراهم آورده و سهم تجارت درون صنعت کشور در سطح بین الملل افزایش یابد.