در قرون میانه ی اسلامی، جناح های مذهبی متفاوتی در بغداد حضور و فعالیت علمی داشتند. مشرب علمی بعضی از این گروه های مذهبی، نظیر جماعت اخوان الصفاء و مکتب متکلمان و محققان امامی بغداد، فلسفی و کلامی بود. با وجود آنکه مشرب علمی این دو جناح به یکدیگر نزدیک می نماید، اما با بررسی تطبیقی آرای این دو گروه روشن می شود که در بعضی از مسائل با یکدیگر اختلافات مبنایی و جدی داشتند. سیدمرتضی که برجسته ترین نماینده ی مکتب متکلمان و محققان امامی بغداد بود، در نقد عقاید سایر مکاتب از دو روش نقد مستقیم و نقد غیرمستقیم استفاده می کرد. او در نقد عقاید کلامی اخوان الصفاء از روش نقد غیرمستقیم استفاده می کرد. شریف مرتضی بطلان عقاید اخوان الصفاء را در بعضی از محورهای کلامی مهم نظیر: تناسخِ ارواح، تأویل معجزات انبیا، انکار توسل، غیبت امام المنتظر، زیارت مشاهد ائمه و اقامه ی عزای حسینی، ماهیت قرآن، کشف اسرار و رموز دین روشن کرد. اختلاف کلامی اخوان الصفاء با شریف مرتضی را باید در عللی نظیر: التقاطی بودن عقاید اخوان الصفاء، گرایش آنان به تصوف، و تفوق فلسفه بر دین نزد ایشان جستجو کرد. بااین وجود، از یک سو به دلیل مشرب عقل گرایی هر دو مکتب متکلمان و محققان امامی بغداد و اخوان الصفاء، و ازسوی دیگر، آزاد اندیشی اخوان الصفاء، آنان در برخی از مسائل کلامی با یکدیگر اتفاق نظر داشتند. سرانجام اخوان الصفاء به دلیل نادیده انگاشتن قانون حاکم بر بقا، رونق و افول مکاتب کلامی، نه تنها در برابر مکتب متکلمان و محققان امامی بغداد، بلکه در برابر دیگر فرق کلامی شکست خوردند.