رویکرد موسوم به «تفکیک» در موضوع حقیقت عقل و دامنه اعتبار و کارکردهای آن، با رویکرد مشهور شیعی اختلاف نظر دارد. بر اساس رویکرد «تفکیک»، عقل انسان در تغایر ذاتی با روح اوست. عقل قابل تکامل است، ولی روح انسان همواره تاریک است. این رویکرد کارکرد عقل را در استعمالات دینی، منحصر به درک امور عملی، و کارکرد عِلم را منحصر به درک امور نظری می داند. میرزا مهدی اصفهانی یقین حاصل از حس و کتاب و سنّت را مطابق با واقع می داند، اما یقین حاصل از هر گونه استدلالی را معتبر نمی شمرد. پیروان رویکرد «تفکیک»، قیاسِ نهی شده در دین را به براهین فلسفی تعمیم داده، با هرگونه تعقّل عمیق مخالفت می ورزند. میرزا مهدی اصفهانی ارجاع نظری به بدیه را در مقابل روش «تعلیم دینی» می داند که صرفاً تذکر به فطرت است و نه استدلال. با روش پژوهش «درون دینی»، در نقد این باورها می گوییم: بر اساس آیات و روایات، عقل انسان مرتبه ای از روح اوست و می تواند با استدلالات متّکی به مقدّمات روشن، به درک صحیحی از امور نظری و عملی برسد. در قرآن و روایات، به وفور، از استدلالات عقلی، برای اثبات حقایق نظری و عملی استفاده شده است.
