آلبان ها و ارامنه و گرجی ها، سه قومیت عمده ساکن در قفقاز جنوبی، بعد از ظهور مسیحیت در زمره پیروان مسیح(ع) قرار گرفتند و به دنبال آن، به زودی کلیساهای آلبان و ارمنی و گرجی تأسیس شد. این سه کلیسا در عین قرابت با یکدیگر، دارای اختلافات فراوانی بودند. وجود چنین اختلافاتی برای حفظ ثبات و بقای هر یک از این کلیساهای همسایه لازم و ضروری می نمود. این اختلافات در نزد دو کلیسای آلبان و ارمنی بیشتر بود. اسلام آوردن بسیاری از آلبان ها و تبدیل شدن جمعیت ایشان به یک اقلیت، خطر استحاله کلیسای آلبان به کلیسای ارمنی را باعث شد. بسیاری از ناظران خارجی غیرآلبان و غیرارمنی هیچ گاه به تفاوت این دو کلیسا توجه نکرده و از هر دو، با نام کلیسای ارمنی یاد کرده اند. این پژوهش ضمن بررسی پیشینه اختلافات دو کلیسای مذکور در طول تاریخ، با تکیه بر منابع کتابخانه ای و اسنادی و به شیوه توصیفی تحلیلی، به مطالعه این اختلافات در دوره صفوی پرداخته است. نتایج حاصل از پژوهش نشانگر این واقعیت است که در دوره صفویه، آلبان های مسیحی هنوز به طور کامل در میان ارامنه مسیحی مستحیل نشده بودند؛ پس اختلافات ایشان در قالب تأکید آلبان ها بر جدایی از کلیسای ارمنی، تبعیت نکردن آلبان ها از اسقف کلیسای جامع ارمنی اوچمیادزین و پرداخت وجوهات شرعی شان به کلیسای جامع آلبان گانزاسار نمود داشت.