روش شناسی علوم را می توان از ویژگی های عصر جدید برشمرد و ادعا کرد که پیشرفت علوم تا حد درخور توجهی مرهون دقت نظر در روش هاست. علم کلام نیز همچون علوم دیگر از این قاعده مستثنا نیست و روش خاص خود را می طلبد. پژوهش در روش علم کلام به دو شیوة تاریخی و منطقی قابل انجام است و ما در این پژوهش بر اساس شیوة اول عمل می کنیم و به بررسی روش کلامی خواجه نصیرالدین طوسی در مقام اثبات عقاید می پردازیم. روش ما در این پژوهش، توصیفی تحلیلی و انتقادی است. بهره گیری از روش برهانی و جدلی در مقام اثبات و دفاع، دوری از روش تمثیلی و خطابی در این دو مقام و نیز استفاده از ظواهر محکمات قرآن و اخبار متواتر را می توان از مهم ترین یافته های پژوهش در روش کلامی خواجه دانست.
