انسان با پیشرفت روزافزون علوم، با سؤالاتى درباره رابطه این علوم با دین مواجه مى شود. ترابط میان «علم و دین» از جمله مسائلى است که مورد توجه اندیشمندان قرار گرفته است. این تحقیق بر آن است که رابطه علم و دین را از نگاه علّامه طباطبائى بررسى نماید و با تتبع در آثار ایشان، مباحثى را که درباره این موضوع مطرح کرده اند، استخراج، تنظیم و سپس توصیف و تحلیل کند. ایشان معتقد است علم و دین روابط متقابلى با هم دارند؛ شکوفایى علم و دانش در تمدن هاى جهان، مرهون تدابیر و تشویق هاى دین است و علم نیز در تحکیم باورهاى دینى سهم بسزایى بر عهده دارد. علّامه با انکار تعارض واقعى میان علم و دین، براى رفع تعارضات ظاهرى پیش آمده، راه حل هایى را ارائه مى کند. ایشان عمده این تعارضات را با تقدم گزاره هاى قطعى بر ظنى و یا از طریق تمایز قلمرو علم و دین، رفع مى نماید و در بسیارى از موارد با تبیین و تفسیر صحیح از آموزه هاى دینى، عدم تعارض واقعى میان علم و دین را نشان مى دهد.
در نظریه ی وحدت متعالی ادیان، تمایز ظاهر و باطن دین تمایزی اساسی به شمار می آید که هم با نگرش مابعدالطبیعی به مراتب هستی و تمایز مطلق و نسبی پیوند دارد و هم با تمایز معرفت شناختی شریعت و طریقت و نیز با تمایز سنخ شناختی اهل ظاهر و اهل باطن گره خورده است. شوان در بینش و نگرشی مابعدالطبیعی با تأکید بر منشأ الاهی دین و تمایزنهادن میان ظاهر و باطن دین و با توجه به تکثر و تنوع افراد و رعایت حاشیه ی بشری در نزول وحی، تنوع ادیان را ناشی از گوناگونی وحی ها متناسب با ظرفیّت ها و قابلیّت های بشری می داند. از نظر او، کثرت صوَر قدسی مانع وحدت حقیقی ادیان در مراتب بالای وجود نیست و هرچند بیشتر افراد یا همان اهل ظاهر نمی توانند این وحدت بَرین را فهم کنند، عارفان اهل باطن به دریافت وحدت درونی و متعالی ادیان نائل می شوند. نگرش همراه با احترام و مدارای اهل باطن به اهل ظاهر و برخلاف آن نگرش توأم با تردید و گهگاه خصمانه و خشونت آمیز اهل ظاهر به اهل باطن با توجه به تفاوت سنخ شناختی آنان قابل فهم و توجیه است. البته تمایز اهل ظاهر و اهل باطن در نظریه ی شوان و تأکید او بر توانایی معرفتی اهل باطن در فهم و دریافت وحدت متعالی ادیان منافاتی با زندگی دینی مؤمنان و سلوک معنوی پیروان ادیان ندارد که بیشترشان اهل ظاهر یا اهل شریعت هستند.