یکى از شبهات مخالفان دین، طرح نظریه ناسازگارى اسلام با تعقل و خردورزى است. این مقاله با محوریت تفسیر المیزان مى کوشد به برخى از این پرسش ها در این زمینه پاسخ دهد؛ ازجمله: آیا دین با تفکر و تعقل سازگارى دارد؟ آیا تعبد محض در برابر بارى تعالى با عقلانیت منافات دارد؟ رابطه دین با عقل چگونه است؟ راه کارهاى شکوفایى عقل و آفت هاى رشد آن از دیدگاه مفسر المیزان چیست؟ علّامه طباطبائى، در تفسیر المیزان معتقد است که هیچ دینى به اندازه اسلام به این موضوع توجه نداشته است. او جایگاه ویژه اى براى عقل قایل است، راه کارهایى براى رشد و بالندگى خرد انسانى پیشنهاد مى کند. آسیب ها و آفت هاى شکوفایى آن را به تصویر مى کشد، شبهه ناسازگارى عقل و وحى، تعارض تعبد با خردورزى را برنمى تابد، نهى از تفسیر به رأى که ظاهرا با خردورزى منافات دارد را پاسخ مى گوید. بررسى ها نشان مى دهد مفسر المیزان، عقل را رسول باطنى و حجیت آن را ذاتى مى داند و دعوت به خردورزى را دعوت به دین دارى، و دعوت به دین دارى را عین عقلانیت مى داند.
جوهر فرد متکلمان اسلامی و ذرات بنیادین در فیزیک نوین، دو دیدگاه بظاهر متفاوت در تبیین ماهیت ماده در جهان قابل مشاهده است، این دو دیدگاه که هر یک با خاستگاه ها و روشها و پرسشهای خاص خود به نظاره عالم ماده نشسته اند ، در فرجام کار در موارد متعددی به هم اقتران یافته اند و گزاره های مشابهی را در تبیین ماده محسوس عرضه نموده اند. گفتار حاضر بر آن است که در ابتدا با بیان هر یک از این دو نظریه، به پیامدهای مشترک آنها اشاره کند، که در این میان توجه به غیر قابل انقسام بودن اجزای اولیه عالم ماده ، شکلمند بودن خاص این اجزاء و حرکتمند بودن داپمی آنها و چگونگی تبیین مفهوم خلأ بایسته ذکر است.