یکی از تصمیمات مهم و دشوار در بنگاه های یکپارچه ساز سیستم های پیچیده، مسئله انتخاب سبدپروژه ها است و پروژه ها، برای جذب منابع محدود همواره در حال رقابت می باشند؛ هم چنین در دنیای متغیر امروز بقا و رشد شرکت ها به توسعه موفق آن ها و ساخت محصولات و خدمات جدید وابسته است، لذا انتخاب مناسب و بهینه سبد پروژه های پژوهش و توسعه برای کسب و کار شرکت امری ضروری است. مشکلات اصلی در فرایند انتخاب سبدپروژه های پژوهش و توسعه را می توان در وجود تعداد زیاد اهداف کمی و کیفی که اغلب با یکدیگر ناسازگارند، وابستگی برخی پروژه ها به یکدیگر، تعداد نیروی انسانی متخصص و مجرب، تجربه و ترجیحات تصمیم گیران، برقراری توازن در زمان تحویل و ریسک و زمانبندی پروژه ها دانست. در این مقاله و جهت تعدیل مشکلات ذکر شده، مدل چند هدفه ی ریاضی با در نظر گرفتن حداکثر نمودن پایداری سازمان(از هر سه بعد اقتصادی، زیست محیطی، اجتماعی)، حداقل نمودن ریسک پورتفو و تاکید بر افزایش سرمایه های فکری و حداکثر نمودن هم راستایی با اهداف سازمان ارائه می گردد و در نهایت با استفاده از یکی از روش های فراابتکاری اصلاح شده ی الگوریتم ژنتیک چندهدفه با مرتب سازی نامغلوب (روش NSLS) به حل مدل پرداخته می شود. جهت بررسی اعتبار مدل نیز پروژه هایی از یک بنگاه یکپارچه سازسیستم های پیچیده مورد بررسی قرار می گیرد. با توجه به جامعه مورد بررسی، یکی از مهمترین دستاوردهای این پژوهش، تفاوت قابل توجه در مدل مفهومی و پارامترهای موثر در فرایند انتخاب سبد پروژه ها در نمونه مورد مطالعه در کشورهای در حال توسعه با کشورهای توسعه یافته می باشد و همچنین استفاده از روش حل فراابتکاری جدید در حل مسائل انتخاب پورتفو از دیگر نوآوری های قابل طرح در این پژوهش است.