شاید یکی از مهم ترین مسائل حکومت دینی، نحوه تعامل ولی فقیه با مجموعة سازمان روحانیت، به ویژه نهاد مرجعیت است که می تواند بخشی از تزاحم ها یا همسویی های جامعه دینی را با رهبری سیاسی تحت تأثیر قرار دهد. از یک سو، دیدگاه هایی که مرجعیت دینی درباره نحوه تعامل خود با رهبری سیاسی دارد و از سوی دیگر، مرجع بودن یا نبودن شخص ولی فقیه می تواند به ابعاد این رابطه پیچیدگی های خاصی بخشد و رابطه این دو نهاد را به یکی از موضوع های حساس ذیل حکومت دینی بدل سازد. مروری بر رویه و متون استنادی موجود نشان می دهد، دراین باره، ایده و الگوی مورد وفاقی وجود ندارد که این رابطه را تحت پوشش قرار دهد و این تعامل بیشتر تحت تأثیر شرایط تاریخی و سیاسی دچار قبض و بسط شده است. بااین همه، تأملات کنونی نشان می دهد چندین نظریه و الگو دراین باره وجود دارد که می توان آنها را در دو رویکرد کلاسیک و جدید بازخوانی کرد و به ارزیابی نتایج روش شناختی آنها پرداخت.
