مقدمه: به کمبود بودجه در کتابخانه ها جهت تامین این نوع منابع و نیز تسهیل دسترسی پژوهشگران به مجلات علمی، اصل دسترسی آزاد به این نوع منابع به طور عمده در غالب مجلات الکترونیک دسترسی آزاد، در طول 15 سال اخیر متحول شده است. هدف پژوهش حاضر، تعیین میزان استناد مقالات مجلات پایگاه ISI web of science به مجلات پایگاه DOAJ در دو حوزه علوم بهداشت و پزشکی و علوم پایه در طول سال های 2008-2003، و نیز بررسی معنی داری تفاوت بین میزان استنادات صورت گرفته به مجلات پایگاه DOAJ در دو حوزه مذکور بوده است.روش بررسی: در این پژوهش که از روش کتاب سنجی و تحلیل استنادی بهره جویی شده است، 1337 عنوان مجله انگلیسی زبان، بدون نمونه گیری، از پایگاه DOAJ مورد بررسی قرار گرفت. جهت گردآوری داده ها نیز از ابزار Cited reference search در ISI web of science استفاده شد. در نهایت، با تجزیه و تحلیل داده ها در نرم افزار SPSS، یافته های پژوهش حاصل گردید.یافته ها: با بررسی مجلات مشخص شد که حوزه علوم پایه با 657 عنوان مجله، 10116 استناد، (62.91 درصد) دریافت کرده است. در این حوزه موضوع زیست شناسی و علوم زیستی بیشترین میزان استناد (6009 استناد، معادل 59.4 درصد) و موضوع ریاضیات و آمار کمترین میزان استناد (91 استناد، معادل 0.9 درصد) را دریافت نموده است. از طرفی، حوزه علوم بهداشت و پزشکی با 680 عنوان مجله، 5965 استناد (37.09 درصد)، دریافت کرده است. در این حوزه موضوع پزشکی (عمومی)، بیشترین میزان استناد (3236 استناد، معادل 54.29 درصد) و موضوع دندان پزشکی، کمترین میزان استناد (1 استناد، معادل 0.01 درصد) را دریافت نموده است. آزمون 2 ? در مورد تعداد مجلات دو حوزه تفاوت معنی داری را نشان نداد، اما در خصوص تعداد استنادات، آزمون 2 ? نشان داد که تفاوت معنی داری میان دو حوزه علوم بهداشت و پزشکی و علوم پایه وجود دارد.نتیجه گیری: هر چند تعداد مجلات دارای استناد نسبت به مجلات بدون استناد در دو حوزه ی علوم بهداشت و پزشکی و علوم پایه در پایگاه DOAJ به نسبت ناچیز است، اما با توجه به افزایش روزافزون مجلات دسترسی آزاد در این پایگاه، و نیز با توجه به لزوم شناسایی مجلات پر استناد و معتبر در حوزه هایی مانند علوم بهداشت و پزشکی و علوم پایه که در آن ها محققان به اطلاعات معتبر و روزآمد نیاز مبرم دارند، انجام چنین پژوهش هایی کمک شایانی به این امر نموده، محققان را در دسترسی به مجلات رایگان معتبر راهنمایی می کند.