در مطالعه حاضر، اثرات کاهش یارانه اختصاص یافته به بخش کشاورزی در قالب الگوی تعادل عمومی بر متغیرهای اقتصادی و زیست محیطی ارزیابی شد. در این راستا، کاهش یارانه بخش کشاورزی در پنج سطح در نظر گرفته شد. نتایج نشان داد که اصلاح و کاهش یارانه های بخش کشاورزی به کاهش تولیدات داخلی، رشد قیمت ها و کاهش تقاضای نهایی محصولات کشاورزی به ویژه محصولات اساسی برای خانوارها می انجامد و از این رو، امنیت غذایی را به مخاطره می اندازد؛ همچنین، با حرکت به سمت سناریوی کاهش هشتاد درصدی این یارانه ها، کاهش در مخارج واقعی دولت معادل 87/5- درصد می شود. نتایج برآوردها حاکی از آن بود که در پی کاهش یارانه های بخش کشاورزی، محصولات گندم بیشترین و جو کمترین کاهش تولید را خواهند داشت؛ همچنین، با اعمال سناریوهای مورد نظر، زیربخش شیلات بیش از زیربخش های دام و جنگل ومرتع کاهش تولید را تجربه می کند، به گونه ای که با کاهش ده درصدی یارانه بخش کشاورزی، میزان کاهش در تولید محصولات دام، شیلات و جنگل ومرتع، به ترتیب، 4/2- ، 4/10- و 8- درصد ارزیابی شد. افزون بر این، کاهش یارانه های بخش کشاورزی، در آینده، منجر به کاهش آلودگی های زیست محیطی خواهد شد، به گونه ای که میزان کاهش در تولید گاز دی اکسید کربن (CO2) در سناریو اول، 92/0- درصد و در سناریو پنجم، 90/22- درصد محاسبه شد. با توجه به ضرورت بازنگری در نظام پرداخت یارانه ها، شایسته است که اجرای سیاست کاهش یارانه نهاده های کشاورزی به صورت تدریجی و با ترکیب بهینه و اجرای هم زمان چند ابزار سیاستی متناسب با ساختار تولید و ساختار بازار هر محصول انجام شود.