هدف این پژوهش، شناسایی مشکلات ارتباط حوزه و دانشگاه و ارائه راهکارهای مناسب است. در این تحقیق از روش پژوهش ترکیبی متوالی اکتشافی استفاده شده است. در بخش کمی از نظریه برخاسته از داده ها و در بخش کیفی از روش توصیفی پیمایشی استفاده شده است. ابزار تحقیق، مصاحبه نیمه ساختاریافته و در بخش کیفی پرسشنامه محقق ساخته است. در بخش کیفی از روش نمونه گیری هدفمند، استفاده شد. تعداد نمونه ها در مطالعه حاضر بر اساس اصل اشباع نظری 20 نفر بود ولی برای اطمینان بیشتر از نتایج مصاحبه تا نفر بیست و پنجم ادامه پیدا کرد و اعتبار یابی از روش قابلیت باورپذیری، قابلیت انتقال پذیری، قابلیت اطمینان پذیری و قابلیت تأیید پذیری انجام شد. در بخش کمی از روش تصادفی طبقه ای استفاده و برای روایی پرسشنامه نیز از روش محتوایی استفاده شده است و آلفای کرانباخ کلی پرسشنامه 91/0 محاسبه شد. یافته ها نشان می دهد که مؤلفه های اساسی مشکل ارتباط بین حوزه و دانشگاه شامل تعارض، معرفت شناختی و شناخت و نگرش می باشد. همچنین یافته ها در بخش کمی نشان می دهد که از دید حوزویان و دانشگاه، مولفه تعارض مهم ترین عامل مشکلات تعامل بین حوزه و دانشگاه می باشد. مهم ترین عامل ایجاد مشکلات بین حوزه و دانشگاه از نظر حوزویان، نفوذ دشمن در دانشگاه و حوزه و تلاش بر ایجاد تفرقه بین دو قشر و از دید دانشگاه، کمبود فضای هم اندیشی و عدم آشنایی با بینش ها و نگرش های یکدیگر بیان شده است.