مسئله فطرت از سویی با حوزه خداشناسی ارتباط دارد و از سوی دیگر، کلید حل بسیاری از مسائل حوزه انسان شناسی است. نحوه وجود انسان همراه با یک سلسله دانش ها و گرایش های عالی ای است که از آنها در فرهنگ قرآنی با عنوان «فطرت الهی» (روم: 30) یاد می شود. در اندیشه امام خمینی ره، فطریات به اصلی و تبعی تقسیم می شوند. فطرت اصلی، فطرت عشق به کمال مطلق و خیر و سعادت مطلق است و فطرت فرعی، فطرت تنفر از نقص و انزجار از شر و شقاوت است. امور فطری در اندیشه ایشان عبارت اند از: فطرت بر اصل وجود مبدأ، فطرت بر توحید، فطرت بر استجماع آن ذات جمیع کمالات را، فطرت بر معاد، فطرت بر نبوت، فطرت بر وجود ملائکه و روحانیین و انزال کتب. به باور علامه طباطبائی، فطرت به معنای ایجاد از عدم است. آنچه از آثار علامه طباطبائی به دست می آید، این است که ایشان نقش فطرت دینی را در سه حوزه مرتبط با اصل توحید طرح کرده اند: 1. خداجویی؛ 2. خداشناسی؛ 3. خداباوری یا ایمان به خدا.
