تعارض منافع ساختاری(شکلی) در نظام سلامت به حالتی گفته می شود که یکی از نهادها وظایف متفاوتی داشته باشد و اهداف فرعی اش در تعارض با هدف اصلی اش باشد. این تعارض می تواند هزینه های نظام سلامت را به شدت افزایش و کارایی را به صورت معنی داری کاهش دهد لذا بررسی آن حائز اهمیت می باشد. تعارض منافع می تواند در بعد مالی یا غیرمالی ایجاد شود که در این تحقیق جنبه مالی مورد بررسی قرار گرفته است. مطابق مبانی نظری، در نظام سلامت اگر 1-نظیم کننده نظام(متولی)، همزمان ارائه کننده خدمات و یا 2-تامین کننده مالی، همزمان ارائه کننده خدمات باشد، تعارض منافع ساختاری ایجاد می شود. در نظام سلامت ایران نقش های تولیت، تامین کننده مالی و ارائه کننده خدمت، به روشنی تقسیم نشده اند. وزارت بهداشت در هر سه نقش فوق فعالیت می کند، سازمان تامین اجتماعی نیز در دو حیطه تامین کننده مالی و ارائه کننده خدمت فعالیت می کند. بخش خصوصی نیز ارائه کننده خدمات است. مطابق بررسی به عمل آمده در این مقاله، از نظر ظاهری هم در وظایف وزارت بهداشت و هم در وظایف سازمان تامین اجتماعی، تعارض منافع وجود دارد. بررسی بیشتر نشان داد که از نظر ماهوی، در وظایف سازمان تامین اجتماعی تعارض منافع وجود ندارد ولی در وظایف وزارت بهداشت وجود دارد. یافته ها نشان داد که نظام سلامت ایران از تعارض منافع ساختاری نوع اول، که شدیدتر است و حتی چون وزارت بهداشت (دولت) در وظیفه تولیت و ارائه خدمت نقش چشمگیری دارد لذا از بدترین نوع تعارض منافع ساختاری رنج می برد. و راه حلی که می توان پیشنهاد داد این است که ارائه خدمات از وزارت بهداشت جدا شود.