ویژگی برجسته حکمت متعالیه آن است که صدرالمتألهین از روش ها و منابع گوناگون معرفتی در بنای نظام حکمی خود بهره می برد. فلسفه مشائی، اشراقی، کلام و عرفان و در رأس همه متون دینی قرآن و سنت، منابع حکمت متعالیه را تشکیل می دهند. به عبارت دیگر، در این حکمت از عقل، شهود و نقل دینی برای کشف واقع استفاده می شود. البته صدرالمتألهین ملتزم و متعهد است که یافته های عرفانی و قرآنی را استدلالی و برهانی کند و بدون برهان عقلی سخنی را در نظام فلسفی خود طرح نکند. براین اساس صدرالمتألهین بر وحدت شخصی وجود که نظریه ای عرفانی است برهان عقلی اقامه می کند و از توحید قرآنی با تحلیل عقلی و استدلال نظری دفاع می کند. بنابراین کسانی که می پندارند بهره مندی صدرالمتألهین از قرآن و عرفان با پایبندی او به استدلال فلسفی ناسازگار است بر خطا هستند. او هیچ گاه به جای برهان به قرآن و عرفان پناه نمی برد و خلأ برهانی را با نقل قرآنی و کشف عرفانی پر نمی کند؛ بلکه ازآنجاکه به هماهنگی این معارف اعتقاد دارد می کوشد منظره واحدی را از پنجره های گوناگون تماشا کند. باید افزود که وحی حجیت و اعتبار معرفتی دارد و دلیل نقلی معتبر اگر دلالتش صریح باشد حجیت دارد و مدلولش را برای مؤمن اثبات می کند. شهود عرفانی نیز درصورتی که واجد شرایط شهود معتبر باشد برای صاحب کشف معتبر است و حجیت دارد. اما صدرالمتألهین به عنوان فیلسوف افزون بر این، می کوشد این معارف را برهانی کند تا مقبولیت عام پیدا کنند و قابل عرضه در نظام فلسفی باشند. این روش و مشرب مبتنی بر اصلی است که صدرالمتألهین و پیروانش بر آن تأکید دارند. آن اصل این است که «برهان و عرفان و قرآن از هم جدا نیستند». صدرالمتألهین بر اساس این روش می کوشد هم به نزاع های فلاسفه و عرفا و متکلمان در مسائل بنیادین نظری و اعتقادی پایان دهد و بین مشرب های گوناگون معرفتی آشتی و هماهنگی برقرار کند و هم با تلفیق و ترکیب این روش ها به حل معضلات مهم الهیاتی توفیق یابد و به دستاوردهای جدیدی در ابواب گوناگون فلسفی به ویژه در هستی شناسی و انسان شناسی و معرفت شناسی نایل گردد. پرسشی که در اینجا به اختصار باید بررسی کنیم این است که اینکه براساس حکمت متعالیه بین برهان و عرفان و قرآن جدایی نیست، یا حکمت متعالیه از برهان و عرفان و قرآن در کشف و اثبات دعاوی خود بهره می برد، به چه معناست و تا چه حد می تواند درست باشد؟ آیا این اصل به این معناست که همه حقایق قرآنی از راه عقل و کشف هم به دست می آیند؟ آیا بین هیچ یافت عقلی و شهودی با آموزه های دینی تعارضی نیست؟ آیا همه مباحث حکمت متعالیه با هر سه روش به دست می آیند و اثبات می شوند؟ قطعاً توافق و هماهنگی بالفعل و حداکثری این مشرب ها نمی تواند منظور باشد، به این معنا که همه یافته های عقلی و کشفی و نقلی یکسان باشند و هیچ اختلاف و ناسازگاری بین آنها نباشد و هرچه قرآن می گوید عقل و کشف نیز همان را بگویند و بالعکس. اولاً می دانیم که وحی مصون از خطاست؛ در قرآن کریم و سخنان معصومان خطا راه ندارد. اگر ادعای فوق حداکثری باشد به این معنا خواهد بود که حکیم متأله به همه حقایق دینی از راه عقل و کشف دست می یابد و در یافته های عقلی و کشفی و فهم دینی او هیچ خطایی رخ نمی دهد. روشن است که این ادعایی است گزاف که هیچ غیرمعصومی نمی تواند آن را طرح کند. ثانیاً بر خلاف کتاب و سنت، یافته های عقلی و کشفی محدودند و به تدریج برای انسان ها حاصل می شوند و همه آنچه قابل یافت عقلی و کشفی است هنوز تحقق نیافته است. «الیَوم َ اَکمَلت ُ لَکُم دینَکُم» (مائده: 3) داریم، اما «الیوم اکملت لکم فلسفتکم یا عرفانکم» نداریم. البته صدرالمتألهین در جایی از اکمال فلسفه سخن می گوید اما این ادعا را باید به معنای محدود و نسبی در نظر گرفت. پس از نظر کمیت و قلمرو گزاره ها، بین عقل و کشف و کتاب و سنت برابری نیست. به نظر نمی رسد هرگز بتوانیم به چنین برابری برسیم، چون لازمه اش بی نیازی از دین خواهد بود. درحالی که از کتاب و سنت برمی آید که همه آنچه که انبیا به ما می آموزند قابل دریافت از راه های دیگر نیست؛ «وَیُعَلِّمُکُمْ مَا لَمْ تَکُونُوا تَعْلَمُونَ» (بقره: 151). آری، اگر عقل کامل باشد و کشف هم تام باشد و خطا در آنها راه نداشته باشد، در آن صورت بین برهان و عرفان و قرآن هماهنگی تام خواهد بود. اما این فقط یک قضیه شرطیه است. شاید تنها مصادیق آن انسان های کامل به معنای معصومان باشند. همچنین می توان گفت هماهنگی و تلازم یادشده درباره ذات برهان و کشف یا برهان و کشف نفس الامری صادق است، اگر چنین چیزی داشته باشیم؛ نه لزوماً مصادیقی از آنها که بالفعل برای ما حاصل می شود. این سخن در باب هماهنگی دیگر راه های معتبر معرفت و معارف دینی نیز صادق است. ثالثاً در حکمت متعالیه موضوعاتی طرح و بحث می شود که در کتاب و سنت مطرح نیستند تا هماهنگی و توافق همه جانبه آنها مطرح شود، مانند مباحث انتزاعی منطقی مثل معقولات ثانیه، اعتبارات ماهیت، و وجود ذهنی؛ ازاین رو نمی توان قلمرو دین و فلسفه را مساوی و یکسان دانست، گرچه مشترکات بسیاری دارند. می توان گفت بین موضوعات و مسائلشان نسبت عموم و خصوص من وجه است. برخی از تعالیم دینی همچون بسیاری از مسائل فقهی دین در فلسفه و از طریق برهان قابل کشف و اثبات نیست. اینجاست که این پرسش به طور جدی طرح می شود که پس به چه معنا می توان هماهنگی برهان و عرفان و قرآن را ادعا و اثبات نمود؟ اولاً چنان که گفتیم این ادعا ناظر به وضعیت بالفعل عقل و کشف نمی تواند باشد. همه معارف دینی، بالفعل از راه عقل و کشف به نحو خطاناپذیری اثبات نشده اند و شاید بسیاری از آنها جز از راه وحی قابل دستیابی نباشند. ثانیاً می توان ادعایی حداقلی را به این صورت مطرح کرد که چون عقل و کشف و شرع هر سه ناظر به واقع هستند، نباید بین دعاوی آنها تعارض و ناسازگاری باشد. از حکیم متأله انتظار می رود بین یافته های عقلی و کشفی و قرآنی او ناسازگاری نباشد، نه اینکه بین آنها یگانگی و هماهنگی تام برقرار باشد و مدعای هر سه از نظر کمیت یا قلمرو مساوی باشند و از نظر صحت و اعتبار یکسان باشند. این تنها یک آرمان است و نمی توان گفت بالفعل محقق است. ثالثاً چیزی را که می توان توصیه کرد و توقع داشت این است که از حکیم متأله انتظار می رود در حکمتش از هر سه منبع عقل و کشف و نقل استفاده کند و برای رسیدن به هماهنگی بین این سه راه بکوشد. این استفاده هم البته نسبی و دارای درجات است. درباره حکمت متعالیه صدرالمتألهین می توان گفت. اولاً صدرالمتألهین فی الجمله در مواردی به طور نسبی از هر سه منبع استفاده می کند، اما هرگز نمی توان گفت او به همه حقایق قرآنی و روایی رسیده است و در هر مسئله ای به هماهنگی راه های سه گانه دست یافته است. ثانیاً صدرالمتألهین می کوشد در امهات اصول اعتقادی دینی مثل مسئله توحید و نبوت و معاد به هماهنگی نسبی بین سه راه معرفت دست یابد. اما البته منتقدان صدرالمتألهین ممکن است در این مدعا مناقشه کنند و مثلاً بگویند معاد صدرالمتألهین با معاد قرآنی فاصله دارد، کما اینکه چنین گفته اند. بنابراین، آنچه می توان از گزاره «برهان و عرفان و قرآن از هم جدا نیستند» استفاده کرد این است که حکیم باید این گزاره را نصب العین خود سازد و آن را به عنوان دورنمای سیر و سلوک معرفتی خود در نظر گیرد و ناسازگاری داده های این سه راه را برنتابد و به سوی هماهنگی آنها حرکت و کوشش کند. این اصل به عنوان یک اصل هدایتگر و جهت دهنده و راهنما بسیار مهم و مفید خواهد بود. قاعده محل بحث را می توان به موارد دیگر هم توسعه داد و این هماهنگی باید بین همه معرفت ها باشد. از جمله بین حس و تجربه معتبر ازیک سو و عقل استدلالی و کشف عرفانی و وحی دینی باید هماهنگی باشد که نزاع معروف علم و دین ناظر به این مسئله است. البته آنچه می توان توقع داشت هماهنگی حداقلی به معنای عدم تعارض علم و دین است. چون قلمروهای مشترک آنها محدود است. همچنین بین یافت تاریخی به روش تاریخی معتبر و متون تاریخی دینی نباید ناسازگاری باشد. البته سخن از یافت و موارد یقینی است، نه لزوم هماهنگی بین ظنون تاریخی و قطعیات دینی. مصداق دیگر برای قاعده فوق، لزوم هماهنگی بین یافته های عقل عملی و وجدان اخلاقی با تعالیم دینی مرتبط با آن است. تعارض بین یافت عقل عملی و شهود اخلاقی با آموزه های دینی نیز پذیرفته نیست و انتظار می رود که چنین هماهنگی برقرار باشد. البته موارد خاصی مثل مأمور شدن حضرت ابراهیم (ع) به ذبح اسماعیل (ع) مواردی استثنایی هستند که توضیح و تبیین خاص خود را می طلبد. در اینجا لازم است به قاعده معروف «کل ما حکم به العقل حکم به الشرع و بالعکس» اشاره کنیم. این قاعده می گوید هرجا عقل حکمی قطعی داشته باشد شرع هم موافق با آن است. البته از این قاعده استفاده نمی شود که در همه مواردی که شرع حکم دارد عقل نیز حکم قطعی دارد. همچنین معنای قاعده آن نیست که هر حکم شرعی لزوماً دلیل عقلی دارد و برای عقل قابل کشف است. بلکه مراد این است که اولاً حکم قطعی عقل با شرع یکی است و ثانیاً چون عقل به طورکلی حقانیت شرع را پذیرفته است، همه احکام آن را نیز می پذیرد بدون اینکه لزوماً خود به طور مستقل راهی برای کشف تفصیلی آنها داشته باشد.