آذربایجان از جمله کشورهای قفقاز جنوبی است که به دلیل ویژگی های خاص ژئوپلتیکی و ژئواکونومیکی برای ایران از اهمیت خاصی برخوردار است. علی رغم وجود زمینه های متعدد همگرایی میان ایران و آذربایجان، بیشتر شاهد واگرایی میان دو کشور بوده ایم. پرسش این است که در فاصله زمانی 2000 تا 2016 چه عواملی بر واگرایی روابط ایران و آذربایجان مؤثر بوده است؟ فرضیه عبارت است از عمده عوامل موثر بر واگرایی روابط دو کشور را باید در قالب عوامل اقتصادی و امنیتی و سیاسی جست وجو کرد که توسط بازیگران منطقه ایی و فرامنطقه ایی به عنوان یک ابزار نفوذ جهت محدود کردن دامنه نفوذ ایران در منطقه و تهدید بر ضد ایران استفاده شده است. این مقاله با استفاده از روش توصیفی- تحلیلی و بر اساس داده های معتبر اسنادی و آرشیوی درصدد است عوامل واگرایی روابط دو کشور را تجزیه وتحلیل کند تا نشانه های فرصت برای سیاست خارجی ایران را از درون این تهدیدات شناسایی کند.