نظریه پردازی فلسفی بر وفاق متون دینی، و تفسیر مبتنی بر موازین عقلی از آن متون، از مقاصد عالیه حکمای متعالیه و سنت مستمر آنان در پهنه حکمت پردازی است. پس از صدرا، در همه ادوار این مهم دنبال شده و آقاعلی مدرس نیز از این توانایی بهره مند و مقید به این سیره است. او در نظریه ویژه اش در باره معاد جسمانی، به آیاتی چند استناد جسته است. محوریترین متنی که او به آن عنایت ویژه دارد، این آیه کریمه است: «قل یحییها الذی انشأها اول مرّة و هو بکل خلق علیم» (یس۷۹). به نظر وی این آیه کافی است تا اثبات کند معاد بدنی با گردآوری اجزای عنصری بدن در دنیا و سوق آنها به آخرت برای پیوستن به روح، صورت میگیرد. وی در عین حال با استناد به آیه 62 سوره واقعه، دیدگاه اشاعره را درباره معاد عنصری نمی پذیرد، زیرا آنها به برگشت روح به دنیا گرایش دارند. آیات دیگری که بدون هیچ شرح، مورد استناد ایشان است، آیه 104 سوره انبیا و آیه 27 سوره روم می باشد که از تنظیر مبدأ و معاد، نظریه خود را قابل اثبات می داند. این حکیم متعالی تا آن جا که برای استوارسازی مبانی معاد بدنی، به متون مقدس استناد می جوید، همان آموزه های صدرایی را دنبال می کند، اما در صدد است از مبانی متعالی، رهیافتی جدید و متغایر با رهاوردهای حکمت متعالیه ارائه دهد و همین قصد، او را به «حکیم مؤسس» مشتهر ساخته است. برای اطمینان از توفیق وی در وفاق طلبی رهیافتش با آموزه های قرآنی، باید با عیار ارزیابی، تلاش تفسیری وی را در کیفیت انطباق نظریه اش با آیات واکاوی کرد. در این راستا، کریمه محوری (یس79)، با تدبر مجموعی در آیات قبل و بعد آن، که در شبهه زدایی از معاد جسمانی و پاسخ به مُنکِر آن وارد گشته، انطباق تام نظر آقاعلی مدرس را بر مفاد آیات، محل تردید قرار می دهد.
