قرآن (طریق وحی) در کنار استدلالات عقلی و برهان و نیز تهذیب نفس و عرفان، یکی از مؤلفه های اصلی و در حقیقت مهمترین رکن حکمت متعالیه به شمار می آید.. صدرالمتألهین به عنوان فیلسوف، مفسّر و عارف بزرگ جهان اسلام، رسیدن و نایل آمدن به «حقیقت واحد» را از طرق مختلف ممکن دانسته، آن ها را مکمل یکدیگر تلقی می کند. به گونه ای که از سویی می توان تأثیر عمیق فلسفه وجودی ملاصدرایی، آگاهی از اصول و مبانی عرفانی و بهره مندی از شهود و اشراق را در فهم، تفسیر و تأویل آیات قرآنی توسط ملاصدرا به وضوح مشاهده کرد و از سوی دیگر تدبّر و تأمّل او در آیات وحیانی و قرآنی و نیز روایات معصومین (ع) را در کشف و طرح بسیاری از مبانی فلسفی و حکمی نظاره گر بود. حضور آیات قرآنی در نظام فلسفی ملاصدرا گاه به عنوان دلیل، گاه استشهاد و گاه اقتباس است. به نظر می رسد صدرالمتألّهین در به کارگیری کلام وحی، جهت استوار ساختن مبانی فلسفی خود و دستیابی به حقیقت، بیش از آن که از روش «تفسیر» و بسنده نمودن به معانی ظاهری و مفاد استعمالی آیات قرآن استفاده کند، از روش «تأویل» و درک باطن و یا بطن قرآن بهره برده است. وی با ضروری دانستن آن، تأویل صحیح را عروج از لفظ به معنا و تطبیق کتاب تدوین و تکوین تلقی می کند؛ گرچه ایشان در مواردی، متعهد به این مبنا نبوده و تأویلی ناسازگار با ظاهر آیات، سیاق آن ها و نیز اصول عقلائی محاوره ارائه نموده است.
