تعارض علم و دین، یکی از موضوعات همچنان بحث برانگیز، در میان پژوهشگران عرصه دین است. مقصود از علم، علم تجربی و مقصود از دین، مجموعه معارفی است که پیامبر خدا با یافت حضوری به آن دست یافته است و ما با عقل یا نقل، در پی فهم آن هستیم. در نظریه آیت الله جوادی آملی، با اثبات الهی و دینی بودن (به معنای عام) تمام داده های تجربی (داده های یقینی یا اطمینان آور) و اثبات دینی بودن (به معنای خاص) داده های تجربی مربوط به حیطه عمل مکلفان، و وجود راه حل های اصولی برای رفع تعارض ظاهری بین یافت های تجربی و دینی، مسأله تعارض علم و دین به صورتی بدیع، حل شده است. رسیدن به این نتیجه، مرهون مقدماتی است که به عنوان مبانی فهم نظریه ایشان، دانستنش ضروری است. این نوشتار، تلاشی است در تبیین برخی از اصول موضوعه ای که ما را در فهم نظریه مورد بحث، یاری می کند. با توضیح برخی از مبانی حضرت استاد، روشن می شود که بسیاری از اشکالاتی که بر نظریه ایشان گرفته می شود، ناشی از توجه نداشتن به مبانی فکری ایشان است.