نظام طراحی، تدوین و اجرای برنامه های دوره آموزش عمومی و متوسطه ایران با چالش ها و آسیب های زیادی، چه از نظر برداشت از مفهوم برنامه درسی و چه از نظر طراحی و تدوین برنامه درسی، رو به روست. از مهم ترین چالش ها و آسیب های این نظام، متمرکز بودن نظام طراحی و تدوین برنامه درسی و انعطاف نداشتن در برنامه های درسی است. برنامه های درسی کم توجه با بی توجه به تفاوت های فردی و شناختی دانش آموزان، کم توجه به تفاوت های اقلیمی، فرهنگی، اجتماعی، قومی، منطقه ای، کم توجه به تحولات علمی، آموزشی، فرهنگی در تراز جهانی، کم توجه یا بی توجه به رویکردهای جدید و تحولات حوزه برنامه درسی و انتظارات تازه از برنامه های درسی است.
گذار نظام برنامه ریزی درسی ایران به سمت عدم تمرکز در طراحی و تدوین برنامه های درسی و تاکید بر برنامه های درسی مبتنی بر مدرسه، که در حقیقت نوعی فلسفه عمل در سطح مفهومی و ادراکی نیز هست، امری حتمی است. اما فرایند تغییر به سمت تمرکز زدایی و ایجاد انعطاف نامحدود نیست و با موانع و محدودیت هایی روبهروست که مهم ترین آنها به ادراکات معلمان، سطح تخصص و توانایی آنها در استفاده از پژوهش و برنامه ریزی بر می گردد. در عین حال، برنامه های درسی باید درجه هایی از وحدت و هماهنگی ملی نیز به همراه داشته باشد.
