در بررسی نظام حقوقی دولت سلجوقی دوگونه محکمه بر اساس وظایف و حیطه های فعالیت هر کدام قابل تشخیص است: محکمه سلطانی یا همان دیوان مظالم که شخص سلطان و در مواردی نواب حکومتی وی در ایالات متولی و مسوول آن بودند، و محاکم شرع که توسط قضات و علمای دینی اداره می شد. در محاکم شرع به دعاوی و مرافعات خصوصی و عمومی بین اشخاص و در محکمه سلطانی به جرایم و دعاوی اداری و سیاسی مرتبط با حکومت رسیدگی می شد. وجود محکمه سلطانی، در سنت ایرانی به مظالم نشستن پادشاهان ریشه داشت و محاکم شرع برخاسته از سنتهای دین اسلام بود.