توسعه پژوهشی، فناوری و نوآوری به ندرت حاصل فعالیت یک فرد یا شرکت خاصی است و در اکثر موارد حاصل فعالیت مجموعه ای از اجزاء بوده و مستلزم وجود روابط مناسب میان این اجزاست. برخی از اجزای این شبکه عبارتند از: نهادهای سیاست گذاری و برنامه ریزی، مراکز آموزشی و پژوهشی، مؤسسات مالی و اعتباری، نهادهای نظارتی و حقوقی، واحدهای تحقیق و توسعه و... . در ایران مؤسسات پژوهشی مختلفی وظیفه انجام کارهای پژوهشی را بر عهده دارند که از جمله می توان به دانشگاه ها، مؤسسات پژوهشی وابسته به دستگاه های اجرایی، مؤسسات پژوهشی وابسته به نهادهای عمومی غیردولتی، مؤسسات پژوهشی خصوصی و ... اشاره کرد که پیرامون مأموریت ها و وظایف هریک از این مؤسسات، ابهاماتی نیز وجود دارد. با توجه به اجرای اصل 44 قانون اساسی و سیاست خصوصی سازی دولت، نقش موسسات پژوهشی بسیار قابل توجه خواهد بود. اما واقعیت ها نشان می دهد که این موسسات نتوانسته اند به جایگاه واقعی خود در کشور دست یابند. در این تحقیق تلاش شده است تا با بهره گیری از ادبیات موضوع و مصاحبه با خبرگان، عوامل عدم استفاده بهینه از ظرفیت موسسات پژوهشی خصوصی شناسایی شوند. پرسشنامه تحقیق با دربرداشتن 17 عامل بین 120 نفر از مدیران موسسات پژوهشی و نیز مدیران حوزه پژوهشی کشور به منظور اعتبار سنجی و همچنین رتبه بندی عوامل شناسایی شده توزیع شده است. نتیجه تحقیق نشان می دهد که عدم شفافیت قانونی برای حمایت از مؤسسات پژوهشی خصوصی، اجرایی نشدن کامل معافیت های مالیاتی و بیمه ای و بوروکراسی و عدم انعطاف سیستم مدیریتی دستگاه های متقاضی در واگذاری پژوهش، مهمترین موانع در استفاده بهینه از ظرفیت مؤسسات پژوهشی خصوصی در ایران می باشند.