قرآن (طریق وحی) در کنار استدلالات عقلی و برهان و نیز تهذیب نفس و عرفان، یکی از مؤلفه های اصلی و در حقیقت مهمترین رکن حکمت متعالیه به شمار می آید.. صدرالمتألهین به عنوان فیلسوف، مفسّر و عارف بزرگ جهان اسلام، رسیدن و نایل آمدن به «حقیقت واحد» را از طرق مختلف ممکن دانسته، آن ها را مکمل یکدیگر تلقی می کند. به گونه ای که از سویی می توان تأثیر عمیق فلسفه وجودی ملاصدرایی، آگاهی از اصول و مبانی عرفانی و بهره مندی از شهود و اشراق را در فهم، تفسیر و تأویل آیات قرآنی توسط ملاصدرا به وضوح مشاهده کرد و از سوی دیگر تدبّر و تأمّل او در آیات وحیانی و قرآنی و نیز روایات معصومین (ع) را در کشف و طرح بسیاری از مبانی فلسفی و حکمی نظاره گر بود. حضور آیات قرآنی در نظام فلسفی ملاصدرا گاه به عنوان دلیل، گاه استشهاد و گاه اقتباس است. به نظر می رسد صدرالمتألّهین در به کارگیری کلام وحی، جهت استوار ساختن مبانی فلسفی خود و دستیابی به حقیقت، بیش از آن که از روش «تفسیر» و بسنده نمودن به معانی ظاهری و مفاد استعمالی آیات قرآن استفاده کند، از روش «تأویل» و درک باطن و یا بطن قرآن بهره برده است. وی با ضروری دانستن آن، تأویل صحیح را عروج از لفظ به معنا و تطبیق کتاب تدوین و تکوین تلقی می کند؛ گرچه ایشان در مواردی، متعهد به این مبنا نبوده و تأویلی ناسازگار با ظاهر آیات، سیاق آن ها و نیز اصول عقلائی محاوره ارائه نموده است.
در زبان بشری الفاظی وجود دارد که در زبان دینی به نحو مشترک به خدا و مخلوقات نسبت داده می شود. نسبت این الفاظ به خدا و انسان به نحو مشترک لفظی و مشترک معنوی منجر به دیدگاه تشبیه و تعطیل می شود که از چالش های الهیاتی است. اندیشمندان اسلامی برای حل این چالش به معنا و مفاهیم تشکیکی این الفاظ متوسل شده اند. ملاصدرا، با مبانی فلسفی خود، برای حل این مسئله نظری را طرح کرده که می توان آن را الهیات تشکیکی نامید. توماس آکویناس متفکر مسیحی در توجیه نسبت این الفاظ نظریه ای را بیان نموده که به الهیات تمثیلی معروف است. این نظریه در جوامع علمی غربی و اسلامی مورد نقدهایی قرار گرفته است. با تحلیل معناشناختی واژه های کلیدی نظریه آکویناس و تبیین محتوای آن می توان نشان داد که دیدگاه او با تفاوت هایی همان نظریه الهیات تشکیکی است. او در این زمینه از ابن سینا متأثر است.
ایجاد اعتدال در قلمرو نفس از دغدغه های اساسی فلاسفه اسلامی می باشد. مسئله این است: بحث از اعتدال در قلمرو نفس آدمی از چه جایگاهی در دستگاه فلسفی و حکمت عملی فیلسوفان اسلامی برخوردار است و چه نقشی در زندگی فردی و مدنی و سیاسی ایفا می کند و مراد از آن چیست؟ و ادعا این است: که اعتدال وجود توازن و تعادل بر قوای نفس است که از طریق حاکمیت عقل و شرع بر دیگر قوای نفس حاصل می شود در عین حال که اعتدال شرط کمال نفس و پایه همه فضایل مدنی و سعادت نفسانی می باشد . اگرچه اعتدال نفس نزد فلاسفه اسلامی از طریق حکومت دادن عقل و خِرَدورزی حاصل است، پرورش و رشد و شکوفایی آن در جامعه حاصل و از طریق سیاست فاضله تحصیل می شود. از این طریق است که فرد انسانی هم مدنی و نوع گرا می شود و هم همراه با منافع خود به منافع دیگران می اندیشد، به طوری که تعارض ها و تضادهای منافع او به همسویی و هماهنگی با منافع و مصالح هم نوعان تبدیل می گردد.
نحوه نگرش به آثار ملاصدرا می تواند در استنباط آرای دقیق وی مهم و تأثیرگذار باشد. در این راستا دو گونه رویکرد قابل تصور است؛ اول آن که نظرات صدرا را همان تصریحات وی، که اکنون در همه جا شایع و رایج است و به عنوان نظرات صدرالدین شیرازی شناخته می شود، دانست. رویکرد دوم می تواند چنین باشد که با توجه به تصریحات ملاصدرا و شواهد و قرائن گوناگون، استنباط نظرات نهایی وی، صرفاً با مطالعه آثارش حاصل نمی شود بلکه نیاز مبرم به اجتهاد فلسفی وجود دارد. در این مقاله ضمن تأیید نظر دوم، از سه طریق اثبات می شود که نظرات صدرا جز با توجه تام به مبانی اساسی وی به دست نمی آیند. سه طریق مذکور عبارت اند از تصریحات صدرالدّین، شرایط حاکم بر زمانه وی و نیاز جدی به نظام فلسفی هماهنگ و سازگار.