از واقعیت های تاریخی در مورد قرائات قرآن، اختلاف قرائات است. پیدایش قرائات گوناگون، معلول دو گونه علت بوده است که می توان آنها را به علت های طبیعی و اجتهادی تقسیم کرد. بر پایه پژوهش صورت گرفته، یک سری از علل، به صورت طبیعی صورت گرفته اند که دانشمندان و مفسران علوم قرآنی نیز به آنها پرداخته اند و عواملی چون: اختلاف لغات و لهجه های عرب، خالی بودن کلمات از علائم، اعراب و نقطه در صدر اسلام، عدم وجود الف ممدوده در ساختار کلمات و سهل انگاری کاتبان کلام وحی در نگارش رسم الخط دقیقی از قرآن را در برمی گیرند. در مقابل مسائلی چون تعصب و خودبینی برخی از قاریان در ارائه قرائت جدید، بی-اطلاعی از قواعد عربی، چشم و هم چشمی قاریان، تحمیل قواعد صرفی و نحوی، از علل اجتهادی برخی قاریان در توسعه قرائات بوده است. با مراجعه به نصوص تاریخی کتب قرائات، می توان اثرگذاری اجتهاد قاریان بر علوم اسلامی را به وضوح مشاهده کرد.